Когда в 1293 году его брат, великий князь Андрей Александрович, вместе с призванными из Орды татарами во главе с Дюденем («Дюденева рать») опустошил русские города: Муром, Суздаль, Коломну, Дмитров, Можайск, Тверь, благоверный князь решился впустить их в Москву, чтобы спасти народ от гибели. Сил для отпора не было. Вместе со своим народом князь переживал тяготы разорения и разбоя. Отстаивая свои права, святой Даниил был вынужден в 1295 году выступить против своего брата близ места, называемого Юрьево Толчище, но и здесь стремление к миру победило в нем и кровопролития удалось избежать.
В 1300 году, когда рязанский князь Константин Романович, призвав на помощь татар, занимался тайными приготовлениями к внезапному нападению на земли Московского княжества, преподобный Даниил пошел с войском к Рязани, разбил неприятеля, взял в плен Константина и истребил множество татар. Это была первая победа над татарами, победа негромкая, но замечательная – как первый порыв к свободе. Разбив рязанского князя и рассеяв его союзников, татар, благоверный князь Даниил не воспользовался победою, чтобы отобрать чужие земли или взять богатую добычу, как это было принято в те времени, а показал пример истинного нестяжания, любви и братолюбия. Никогда не брался святой князь за оружие, чтобы захватить чужие земли, никогда не отнимал собственности у других князей ни насилием, ни коварством. За это Господь расширил границы его владений. Иоанн Димитриевич, князь Переславля-Залесского, племянник Даниила, кроткий, благочестивый и благотворитель нищих, уважал и любил своего дядю. В 1302 году, умирая бездетным, он передал свое княжество святому Даниилу. Переславская земля вместе с Дмитровой была после Ростова первой как по числу жителей, так и по крепости главного города. Переславль-Залесский был хорошо защищен со всех сторон. Святой князь остался верен Москве и не стал переносить столицу княжества в более сильный и значительный по тому времени Переяславль. Это присоединение выдвинуло Московское княжество в число наиболее значительных. Здесь было положено начало объединению Русской земли в единую мощную державу.
В 1303 году святой Даниил тяжело заболел. Он принял великую схиму и заповедал похоронить себя в Даниловой монастыре. По глубокому смирению он хотел быть погребенным не в церкви, а на общем монастырском кладбище. Скончался благоверный князь 17 (4) марта.
Не прошло и тридцати лет со времени преставления благоверного князя Даниила, как основанная им Даниловская обитель была в 1330 году переведена в Кремль, церковь превращена в приходскую, а кладбище стало мирским. Во времена великого князя Иоанна III (1462–1505) преподобный Даниил напомнил о себе забывчивым потомкам. Юноше из окружения великого князя явился некто неизвестный и сказал: «Не бойся меня – я христианин и господин сего места, имя мое Даниил, князь Московский, по воле Божией я положен здесь. Скажи от меня великому князю Иоанну: сам ты утешаешь себя, а меня забыл, но не забыл меня Бог». С того времени великий князь установил петь соборные панихиды по родственникам – князьям. Во времена царя Иоанна Грозного при гробе преподобного Даниила исцелился
