1779 г. Суворов подал в Славянскую духовную консисторию прошение о разводе. Он винил жену в том, что она, «презрев закон христианский и страх Божий, предалась неистовым беззакониям явно с двоюродным племянником моим… о каковых ее поступках доказать и уличить могу». Одновременно с этим он определил свою дочь в Смольный институт благородных девиц.
За время отсутствия Суворова дела в Крыму обострились и открылись военные действия. Ему не хотелось возвращаться в Крым, так как отношения его с Прозоровским были крайне неприязненными. Он вторично обратился к Потемкину с просьбой о переводе. На этот раз просьба была уважена: в январе 1778 г. Суворов был назначен начальником войск на Кубани, которыми командовал до 1779 г. За это время он превосходно организовал оборону Крымского полуострова на тот случай, если последует десант со стороны турок. За это же время он устроил выселение из Крыма греческих и армянских обывателей.
В 1779 г. Суворов получил в командование Малороссийскую дивизию. Нет сомнения в том, что сама императрица вмешалась в его ссору с женой (не без участия Потемкина). В 1780 г. состоялась их встреча в Москве, где Суворов получил секретный ордер Потемкина, предписывающий ему немедленно отправиться в Астрахань для подготовки военной экспедиции за Каспий. Вместе с женой он приехал в Астрахань в первой половине февраля 1780 г. Ненадолго во взаимоотношениях супругов воцарился мир и спокойствие. Но уже в марте Варвара Ивановна призналась мужу в том, что некий «ризомаратель» напал на нее и, угрожая двумя пистолетами, овладел ею. Суворов поверил ей и обратился к своему покровителю Турчанинову, требуя наказать виновника, оставшегося потомкам неизвестным. Окончательный разрыв между супругами произошел в 1783 г. Новые подозрения вынудили Суворова обратиться в синод с челобитной. На этот раз он обвинил жену в связи с секунд-майором И. Е. Сырохневым. Суворов расстался с ней навсегда, назначив сначала содержание в 1200 рублей, а затем увеличив его до 3 тысяч рублей. Варвара Ивановна поселилась в Москве, где 4 августа 1784 г. родила сына Аркадия, долгое время не признаваемого Суворовым (впоследствии он признал сына и даже брал его в свои последние походы).
В 1782 г. Суворов получил в командование Кубанский корпус, а после присоединения Крыма к России (1783) ему было поручено покорить ногайских татар, что он и сделал, несмотря на значительные трудности. В 1786 г. он был произведен в генерал-аншефы и назначен начальником Кременчугской дивизии. В начале 2-й турецкой войны 1787—1791 гг. Суворова назначили начальником Кинбурнского корпуса. На него была возложена оборона Черноморского побережья, от устья Буга до Перекопа. Основательность сделанных им распоряжений обернулась блистательной победой под Кинбурном. Однако участие Суворова в осаде Очакова (1788) прекратилось вследствие разногласий с Потемкиным. В 1789 г. Суворов командовал дивизией в армии Репнина и разбил турок при Фокшанах и Рымнике, за что был награжден орденом Святого Георгия 1-й степени и титулом графа Рымникского,
