Его успехи и неподкупность на этом поприще были замечены, и он даже был награжден орденом Владимира четвертой степени (при вручении ордена из рук самой Екатерины II он не встал, как это требовали обычаи, на колени).
Весной 1789 г. Радищев закончил работу над «Путешествием из Петербурга в Москву» и через год, ввиду отказа издателя опубликовать книгу, пользуясь указом Екатерины II, разрешающим частным лицам иметь собственные типографии, приобрел печатный станок и отпечатал «Путешествие…» в количестве 650 экземпляров. Одним из первых читателей книги была сама Екатерина II. В числе ее заметок на полях: «сочинитель стремится произвести в народе негодование против начальников и начальства, не уважает сана и власти царской». Императрица увидела, что писатель выступил против крепостного права и самодержавной формы правления. Она считала, что мысли сочинителя «совсем противны закону божию, десяти заповедям, православию и гражданскому закону», а оду «Вольность», встроенную в главу «Тверь», признала «совершенно явно и ясно бунтовской, где царям грозится плахою… Сии страницы суть криминального намерения, совершенно бунтовские». Своему статс-секретарю А. В. Храповицкому она заявила, что Радищев – «бунтовщик хуже Пугачева», и приказала (тому же Брюсу) немедленно разыскать сочинителя, а книгу, «наполненную самыми вредными умственными, разрушающими покой общественный», изъять.
Вскоре (30 июня 1790 г.) начальник (обер-секретарь) Тайной экспедиции известный «заплечных дел мастер» С. И. Шешковский доложил императрице, что сочинитель «зловредной» книги схвачен, закован в цепи и посажен в каземат Петропавловской крепости. Шешковский производил и следствие по этому делу (как и дело Пугачева). Палата уголовного суда, куда было передано дело, вынесла Радищеву (на пятнадцати листах!) смертный приговор, в конце которого говорилось: «За сие ево преступление Палата мнением и полагает, лиша чинов и дворянства… казнить смертию, а наказанные сочинения ево книги, сколько оных отобрано будет, истребить» (в России запрет «Путешествия…» был снят лишь в 1905 г.). Затем дело по инстанции перешло в Сенат. Сенаторы, подчеркнув, что Радищев «сочинил и издал столь вредное, неистовое и оскорбительное сочинение», постановили преступнику «отсечь голову» и направили материалы дела Екатерине II. Та переправила его в Государственный Совет, где приговор, вынесенный Сенатом, был утвержден. Наконец, высочайшим указом от 4 сентября 1790 г. (по ходатайству А. Р. Воронцова и по случаю заключения мира со Швецией) Екатерина подписала указ о замене Радищеву смертной казни ссылкой на десять лет в Сибирь, в Илимский острог. На предложение о даче прошения о помиловании Радищев ответил отказом и с мужеством переносил ссылку.
Осенью 1796 г. после смерти Екатерины II пришедший к власти Павел, ненавидевший свою мать, постарался отменить наказания, вынесенные Екатериной. В числе помилованных был и Радищев. Сибирская ссылка заменялась ему ссылкой в Калужскую губернию в село Немцово, принадлежавшее семье Радищевых.
