1934 года Кислицын был уволен и предстал перед судом. 8 июля 1934 года в новгородской газете «Звезда» появилась небольшая заметка «Дело музейных работников», извещающая о том, что «судебное дело работников музея… будет слушаться выездной сессией Ленинградского суда между 10 и 20 июля в помещении народного суда. Обвинительное заключение закончено. По делу вызывается до 40 свидетелей. Дело продолжится 2–3 дня»42. Благодаря публикациям в газете, отслеживавшей ход этого дела, известно, что обвинения «директору Новгородского музейного управления, в состав которого входили б. Софийский собор, библиотека, рукописный фонд, картинная галерея и пр.», «который не только ничего не предпринимал, чтобы упорядочить работу, но и сам уничтожал музейные памятники на топливо»43, были предъявлены по постановлению правительства от 7 августа 1932 года о хищении общественной (социалистической) собственности44. В качестве общественного обвинителя в этом деле должен был выступить «ленинградский профессор-историк Моторин»45, но в итоге в этой роли был задействован Фёдор Васильевич Кипарисов, первый заместитель президента Государственной академии материальной культуры46. Одним из свидетелей на процессе выступал Михаил Константинович Каргер47, в то время сотрудник Института археологии и заведующий кафедрой музееведения в Ленинградском институте философии, лингвистики и истории. Он дал показания о том, что «древние иконы привозились с ликвидируемых монастырей возами и сваливались в кучу, а потом, по воле Кислицына, сжигались в печах <…> что печи собора и квартиры Кислицына отопляются иконами XVII и XVIII веков, чрезвычайно ценными», а также о том, что из Эрмитажа Кислицын был «был изгнан за легкомыслие»48.
Третий день суда был отдан общественному и государственному обвинителям – они выступали с заключительными речами – и вынесению и оглашению приговора. Тексты этих выступлений также позволяют пролить свет на то, в чем и почему обвиняли Кислицина. Первым выступал Фёдор Кипарисов: «До прихода Кислицына музеем ведали классово-враждебные элементы. Это значило, что новому руководству, в лице Кислицына, необходимо было направить большие усилия для того, чтобы ликвидировать последствия вредительского руководства, усилить классовую бдительность. На Кислицина возлагали большие надежды органы советской власти, доверившие ему большое дело. Но Кислицын не оправдал возлагаемых на него надежд. С его приходом положение дела в музее не изменилось. «Воруй, кому не лень» – вот как было поставлено дело при Кислицыне. Когда рядовые работники музея стали развертывать самокритику, указывая на недостатки нового руководства, Кислицын организует поход против пишущих в стенгазету, против всех, кто осмеливается критиковать <…> Тесть Кислицына оказывается уже в должности сторожа ценностей. Близкие и дальние родственники устраиваются на работу в музеи. Так Кислицын создает семейственность. Сам «директор» допускает вредительские с точки зрения здравого смысла вещи по отношению к