Мануэл даёт понять Фернану, что не выскажет недовольства, если путешественник покинет португальскую службу. Оскорблённый резким отказом и гневом короля Португалии, Фернан отправляется в солнечную страну Испанию, где покупает дом и продолжает работать над идеей морского кругосветного путешествия.
В XV веке в европейских странах восточные приправы и специи ценились на вес золота. В Европе пряностей не изготавливали, а арабы продавали их на рынке по высокой цене. Богачей в те времена даже шутливо называли мешками с перцем.
Поэтому смысл морских экспедиций заключался в открытии кратчайшего пути к индийским островам пряностей. В Испании Фернан обращается в Палату контрактов с идеей морского путешествия, однако не получает поддержки ведомства. Некий Хуан де Аранда в частном порядке обещает Магеллану помочь за 20 % от прибыли, если морская экспедиция по поиску островов специй пройдёт успешно. Но Фернан при помощи приятеля, астронома Руи Фалера, достиг более выгодной договорённости, которая была официально заверена нотариусом, – на одну восьмую часть прибыли.
В то время между Испанией и Португалией существовал Тордесильясский договор, одобренный Папой. Согласно ему территории, которые открывались к востоку от так называемого «Папского меридиана» (49°32΄56΄΄ з. д.), принадлежали Португалии, а к западу становились собственностью Испании. Король солнечной страны Карл одобрил морское путешествие Фернана Магеллана 22 марта 1518 года. Правитель надеялся доказать, что богатые острова, на которых произрастают чёрный перец и мускатный орех, лежат ближе к западу, а следовательно, переходят к Испании, хотя в то время их подчиняла португальская корона, следуя Тордесильясскому договору.
Мореплавателям была обещана двадцатая часть от всех богатств, добытых во время экспедиции. В плавание готовились корабли с запасами продовольствия, которых бы хватило на два года пребывания на судне. В море отправлялись пять кораблей: «Тринидад» (флагманский корабль Магеллана), «Сан-Антонио», «Концепсьон», «Виктория», «Сантьяго».
Великий мореплаватель командовал «Тринидадом», а «Саньтьяго» управлял Жуан Серран. На трёх остальных кораблях главными были представители испанской знати, и, несмотря на масштаб путешествия, между моряками регулярно возникали стычки. Испанцы были недовольны тем, что кругосветной экспедицией, суть которой заключалась в достижении Азии путём следования на запад, командует португалец, поэтому периодически отказывались подчиняться. К тому же Фернан не разглашал план действий, что вызывало у командующих другими кораблями подозрения. Король Испании приказал безоговорочно повиноваться Магеллану, однако испанцы вступили в тайный сговор между собой, что уберут португальского капитана, если понадобится.
Сподвижник Магеллана астроном Руй Фалейра не смог поучаствовать в экспедиции, так как у него начались приступы безумства.
Кругосветное путешествие Фернана Магеллана началось 20 сентября 1519 года, 256 моряков отправились из порта
