из первых механизмов управления Особой экономической зоной в Калининградской области представлен структурой управления, где власть по управлению экономикой региона была передана одному из вице-губернаторов, на которого были замкнуты все структурные подразделения, имеющие отношение к экономике региона. Аппарат советников главы администрации был в подчинении губернатора и не мог влиять на разработку и принятие управленческих решений. Функции администрации Особой экономической зоны были взяты под формальное руководство губернатора, исключив из процесса принятия решений федеральные структуры. Именно такая структура администрации ОЭЗ послужила поводом для пересмотра отношений с органами федеральной власти в Калининградской регионе, после чего управление экономикой региона было передано органам федеральной власти и губернатору, назначаемым Президентом РФ.
Губернатор Калининградского региона является высшим должностным лицом области, возглавляет Правительство области. Формально он подотчетен и подконтролен Калининградской областной думе и органам исполнительной власти РФ в пределах их компетенции. Губернатор Калининградской области назначается Президентом РФ и его полномочия определены Уставом Калининградской области. Губернатор Калининградской области осуществляет исполнительную власть через систему органов, куда входит: Правительство Калининградской области и иные органы исполнительной власти, формируемые губернатором. Правительство Калининградской области является высшим органом исполнительной власти и осуществляет планирование, разработку бюджета, управление собственностью области, выработку, реализацию экономической и инвестиционной политики, социальную защиту населения и др.
Функции администрации Особой экономической зоны в Калининградской области возложены на Министерство экономики Калининградской области.
Структура администрации, переименованная в Правительство Калининградской области, приобрела новую форму, закрепив за губернатором непосредственное управление всеми министерствами. Основной задачей нового правительства в части развития экономики стала реализация механизма управления экономикой региона на основе закона об ОЭЗ в Калининградской области.
К недостаткам новой структуры механизма управления можно отнести замкнутость управления советников губернатора исключительно на самого губернатора, что как показывает практика, часто делает не эффективным содержательную коммуникацию, противопоставление таких сфер деятельности, как социальная и территориальная, реального и экономического секторов, разделение управления по сферам деятельности и секторам экономики, разделение экономического сектора и службы по государственному регулированию цен и тарифов.
Также можно заметить, что в схеме в равном подчинении находятся четыре агентства, одно
