Алексий дал обет устроить храм во славу божию и славу Святого дня, когда всё это случилось (день празднования Спаса Нерукотворного). В результате Алексием был основан московский Спасо-Андроников монастырь на Яузе.
В 1358 году после посещения Константинополя Алексий отправился в Киев, но, попав в эпицентр религиозно-церковных распрей, был взят под арест. В плену он провел два года, подвергся самым разным мытарствам, но и это не сломило его характера и не изменило деятельной натуры. Стоило Алексию оказаться дома, на родной земле, он занялся распределением епископов по местам, пустующим после моровой язвы. Но и кроме этого было чем заняться. Ещё до возвращения Алексия великий князь Иван II скончался и престол занял его девятилетний сын Дмитрий. Переход власти к несовершеннолетнему правителю не мог обойтись без боярских распрей, придворных интриг и страстей. Усугубляла ситуацию смута в Орде. Ярлык на Великое княжество Владимирское достался Суздальско – нижегородскому князю Дмитрию Константиновичу. Алексий стремился сохранить верность правящей династии, но взял вынужденную паузу, для того чтобы дождаться подходящего момента для осуществления своих планов. Как только такой момент настал, он успешно инициировал через московских послов пересмотр дела. В результате великокняжеский ярлык был передан двенадцатилетнему Дмитрию Ивановичу Донскому, Алексий поспособствовал заключению полезного брака Дмитрия Ивановича с Евдокией Суздальской – дочерью Дмитрия Константиновича.
Поскольку Алексий являлся сторонником традиционной политики и укрепления власти Московского великого князя (теперь в лице Дмитрия Донского) с 1367 года, он уделял много внимания разрешению конфликта с тверскими князьями и пытался уладить целый комплекс проблем, из этого конфликта вытекающих. Для устранения распрей митрополит использовал авторитет церкви: он талантливо лавировал между сторонами, поворачивая ситуацию так, чтобы Москва получала наибольшую выгоду. Междоусобица есть междоусобица. Потрудиться пришлось знатно. Однако благодаря его усилиям власть Москвы признали, и договор о мире был заключен.
Всё это дела великие, дела важные. Но не только о крупных политических свершениях стоит вспомнить, говоря о личности Алексия. Настал момент, когда рассказы о чудесах им творимых, достигли Орды. Произошло это по воле Господа в тот самый момент, когда любимая супруга хана Джанибека заболела. Болезнь Тайдулы оказалась тяжёлой и привела к слепоте. Тогда хан обратился к Алексию за помощью. Естественно, обратился так, как мог обратиться хан. Выбора у святителя не оставалось. Либо согласиться помочь, либо…
Долго Алексий не думал, сразу стал собираться в дальний путь. Согласно легенде, накануне отъезда во время службы сама собой зажглась свеча при гробе чудотворца Петра. Алексий разделил эту свечу на множество частей и раздал всем присутствующим, а из остатков слепил маленькую свечку, которую прихватил с собой в дорогу. 18 августа 1357 года Алексий покинул Москву, а
