Единственной причиной возможного бунта новгородцев в поздних работах Р. Г. Скрынников считает неудовлетворённые амбиции. Он уверен, что новгородцы, принадлежащие к земщине, оказались задеты тем, что никто из них не вошёл в состав привилегированного опричного войска, а далее, испытали на себе насилие и произвол опричников. Так или иначе, но на Земском соборе 1566 года немало новгородцев поддержали требование митрополита Филиппа и конюшего И. П. Фёдорова-Челяднина об отмене опричнины. Также Р. Г. Скрынников подчёркивает и социальные противоречия конца 60-х годов шестнадцатого века на фоне экономического упадка[173], добавляя к этому вечное культурное и торговое соперничество Москвы и Новгорода, подпитывающее сепаратизм последнего. Но говорить о причинах уверенно учёный разумно избегает, склоняясь к версии, что заговора на самом деле не существовало. Случившееся в целом Р. Г. Скрынников объясняет инициативой самого государя. Желая покарать сторонников брата, Иоанн использовал погром как средство устрашения и психологического воздействия, но не тотального истребления всего и всех. Тем более что в результате подобного карательного похода представлялось возможным решить проблемы истощённой (долгой войной) опричной казны. Об этом свидетельствует очевидное разграбление торгово-промышленной верхушки и духовенства. Мысль о желании обогатиться за счёт средств архиепископства поддержал в своих исследованиях и В. Б. Кобрин. Нетрудно заметить, что в этих версиях основной элемент царь – инициатор карательной экспедиции. Однако роль Новгорода, как центра возможного заговора сведена к абсолютной пассивности.
Содержательно высказался на данную тему Борис Флоря. Его точка зрения наиболее лояльна по отношению к Новгороду. Называя действия царя продуманными, но абсурдными, он подводит читателя к тому что причин мятежа у новгородцев не было ввиду мелкопоместности данных краев. На северо-западе отсутствовали родовые вотчины потомков Гедимина и Рюрика. Чтобы подтолкнуть к рискованному шагу рядовых служилых людей, причины должны быть серьёзные. А таковых Б. Флоря не обнаружил. Кроме этого, по мнению историка, помещикам была выгодна внешняя политика царя. Они получали завоёванную в Ливонии землю, на которой устраивались новые поместья. К этому же можно добавить довольство купечества. На момент описываемых событий русская Нарва превратилась в крупный центр международной торговли, который посещали суда из многих стран Западной Европы. Новгородско-псковские купцы оказались полноценными участниками торгового процесса. А вот разгром нанес большой ущерб посадскому населению, так как торговля с западноевропейскими странами прервалась на долгие годы. Кроме этого, для русского правительства всегда были очевидны значение и сила влияния новгородской архиепископской кафедры на сознание людей, что подталкивало выбирать сотрудников данной кафедры с особой тщательностью (в том числе, это касается и Пимена).
С. Б. Веселовский подчеркивал,
Скрынников опирается на «Сказание о градех». Сказание о градех от великого новаграда и до рима. Н.А.Казакова С.16–21. Памятники культуры новые открытия. Письменность. Искусство. Археология. М., 1976. С.19–20.
