Второй мировой войны положило конец немецкому исследованию Антарктики, которое было столь успешно начато экспедицией 1938–1939 годов. Ремонт экспедиционного корабля «Швабия» был завершен перед самым началом Второй мировой войны. Весьма показательно, что ремонт собственности «Люфтганзы» обошелся казне рейха в несколько миллионов рейхсмарок. Однако авиационная компания так и не смогла воспользоваться своим кораблем. 12 октября 1939 года он был передан в распоряжение люфтваффе, в качестве корабля поддержки морской авиации. Первые два года Второй мировой войны «Швабия» находилась на Западном фронте. Она служила плавающей базой для самолетов-разведчиков морской авиации. Как и ранее, капитаном корабля был Альфред Котгас, который формально не был военным моряком. Интересным был и тот факт, что экипаж корабля продолжал числиться в штате пароходства «Северогерманский Ллойд». Многие свидетели указывали на то, что в то время Котгас не раз с тоской вспоминал об антарктической экспедиции.
На Рождество 1940 года его ожидал небольшой сюрприз. К нему на «Швабию» пришло письмо от дирекции «Люфтганзы». Оно имело следующее содержание: «С нескрываемой радостью спешим вам сообщить, что по инициативе президента Немецкой морской метеорологической службы господин имперский министр авиации 17 декабря 1940 года наградил Вас бронзовой медалью морской обсерватории. Мы поздравляем Вас с награждением, передаем приветы и одновременно желаем веселого Рождества и поздравляем с Новым годом».
Впрочем, спокойствие «Швабии» продолжалось недолго. В 1942 году было принято решение в срочном порядке перекинуть ее на норвежский театр боевых действий. Здесь «Швабия» вместе с тремя другими катапультирующими кораблями («Вестфалия», «Фризланд» и «Восточная марка») должна была использоваться морской авиацией для борьбы с конвоями западных союзников, которые направлялись в Советский Союз. Переход в Норвегию по кратчайшему пути был большим риском, связанным с множеством проблем. Немецкие корабли подвергались угрозе не только стороны кораблей западных союзников, но и со стороны британской авиации, которая была очень активна в районе проливов и каналов. О переходе «Швабии» в Норвегию сохранились записи в журналах боевых действий. Ситуация выглядела так. В ночь с 5 на 6 августа 1942 года «Швабия» в сопровождении нескольких кораблей направилась из Гавра в Булонь. Всего же «Швабию» сопровождало несколько тральщиков, дозорных катеров и боевых катеров. 6 августа, после прибытия в Булонь корабли сопровождения оставили «Швабию». 7 августа 1942 года «Швабии» предстояло прорваться через Дуврский пролив, в котором уже шли три боя между немецкими судами и небольшими британскими соединениями. «Швабия» направилась в путь под покровом тьмы, однако ближе к полуночи она была обнаружена британцами. Около часа ночи «Швабия» была обстреляна зажигательными снарядами. После этого к немецкому кораблю попытались приблизиться шесть британских торпедных катеров. Со «Швабии» открыли огонь – несколько британских катеров
