Гражданской войны при Штабе РККА. Затем трудился в Военно-научном отделе Управления по исследованию и использованию опыта войны Штаба РККА. В 1925–1930 годах Какурин преподавал в Военной академии им. М.В. Фрунзе, где был первым начальником кафедры истории Гражданской войны.
19 августа 1930 года Какурин был арестован в рамках операции ОГПУ «Весна», направленной против бывших офицеров царской армии. 26 августа 1930 года чекисты добились от Какурина компрометирующих показаний на Тухачевского. Николай Евгеньевич сообщил: «В Москве временами собирались у Тухачевского, временами у Гая, временами у цыганки. В Ленинграде собирались у Тухачевского. Лидером всех этих собраний являлся Тухачевский, участники: я, Колесинский, Эйстрейхер, Егоров, Гай, Никонов, Чусов, Ветлин, Кауфельдт. В момент и после XVI съезда было уточнено решение сидеть и выжидать, организуясь в кадрах в течение времени наивысшего напряжения борьбы между правыми и ЦК. Но тогда же Тухачевский выдвинул вопрос о политической акции, как цели развязывания правого уклона и перехода на новую высшую ступень, каковая мыслилась как военная диктатура, приходящая к власти через правый уклон. В дни 7–8 июля (1930 года, когда на съезде громили Бухарина, Рыкова и их сторонников. – Б.С.) у Тухачевского последовали встречи и беседы вышеупомянутых лиц и сделаны были последние решающие установки, т. е. ждать, организуясь». Под давлением следователей Какурин обычным встречам военных в неофициальной обстановке, за ужином или, в выходные и праздники, за обедом, придал характер конспиративных сходок, а застольные разговоры представил как организацию заговора для установления диктатуры в союзе с правыми. Правда, ничего конкретного об антиправительственной деятельности Тухачевского бедняга придумать так и не смог. 5 октября 1930 года из Какурина выбили новые показания. Окончательно сломленный, он заявил: «Михаил Николаевич говорил, что… можно рассчитывать на дальнейшее обострение внутрипартийной борьбы. Я не исключаю возможности, сказал он, в качестве одной из перспектив, что в пылу и ожесточении этой борьбы страсти политические и личные разгораются настолько, что будут забыты и перейдены все рамки и границы. Возможна и такая перспектива, что рука фанатика для развязывания правого уклона не остановится и перед покушением на жизнь самого тов. Сталина… У Михаила Николаевича возможно есть какие-то связи с Углановым и возможно с целым рядом других партийных или околопартийных лиц, которые рассматривают Тухачевского как возможного военного вождя на случай борьбы с анархией и агрессией. Сейчас, когда я имел время глубоко продумать всё случившееся, я не исключу и того, что, говоря в качестве прогноза о фанатике, стреляющем в Сталина, Тухачевский просто вуалировал ту перспективу, над которой он сам размышлял в действительности».
19 февраля 1932 года Какурин был осужден как руководитель мифической Киевской «контрреволюционной офицерской организации» к 10 годам заключения. Срок отбывал в Ярославском политизоляторе, где и умер
