style="font-size:15px;"> В 1798 99 гг. Жюно участвовал в Египетском походе. 9 января 1799 г. Бонапарт произвёл его в бригадные генералы (окончательно он был утверждён в этом звании лишь 27 июня 1800 г.), а на следующий день назначил командующим французскими войсками на Суэце.
Именно Жюно сообщил Наполеону о неверности его жены Жозефины, что по мнению историков, Бонапарт так и не смог простить своему лучшему другу.
В сражении при Назарете 30 июня 1799 г. во главе 300 солдат Жюно отразил атаку 10-тысячного авангарда турецкой армии и лично зарубил сына Мурад-бея (так называемая «вторая битва при Назарете»). Также бесстрашно он крушил врага при Абукире, Александрии, Яффе. Помимо сражений, Жюно «отличился» тем, что вызвал на дуэль генерала Ланюсса, позволившего себе непочтительное высказывание в адрес Наполеона. В ходе этой дуэли «Буря» пострадал за друга, получив тяжёлое ранение в живот.
В начале января 1800 г. Жюно покинул берега Северной Африки, но его надеждам на скорейшее возвращение во Францию не суждено было сбыться. Корабль, на котором он плыл на родину, был захвачен англичанами, а сам Жюно и его адъютант Лаллеман попали в плен.
Лишь 14 июня, в то время когда Первый консул сражался при Маренго, Жюно прибыл в Марсель.
В 1801 г. он занял должность коменданта Парижа. В декабре 1803 г. его назначили командиром гренадерского корпуса, формировавшегося в Аррасе.
6 июня 1804 г. Жюно получил почётный чин генерал-полковника гусар.
В марте 1805 г. Бонапарт направил его послом в Португалию. В качестве одной из причин отправки Жюно из Парижа стало недовольство Наполеона его женой – Лаурой Пермон, которая вела крайне расточительный образ жизни и активно участвовала в придворных интригах. «Ссылка» длилась недолго, ибо уже 1 декабря, накануне сражения при Аустерлице, Жюно прибыл в ставку Наполеона в Моравии.
Во время «Битвы трёх императоров» Жан Андош находился рядом с Бонапартом, выполняя функции его первого адъютанта.
19 января 1806 г. Жюно был назначен губернатором Пармы и Пьяченцы. На этой территории Жюно должен был покончить с то и дело вспыхивавшими крестьянскими восстаниями, что и было сделано самым решительным образом.
19 июля 1806 г. он был переведён в Париж на должность губернатора французской столицы, а чуть позже (с 29 июля) – и командующего 1-м военным округом.
2 августа 1807 г. Наполеон, чтобы пресечь роман Жюно со своей сестрой Каролиной Мюрат, отправил «Бурю» в Байонну, где ему надлежало стать во главе I-го Жирондского обсервационного корпуса. 18 сентября он по приказу императора перешёл со своим 25-тысячным корпусом реку Бидассоа и вступил в Испанию. Уже 12 ноября Жюно достиг Саламанки, 19 ноября прошёл через Алькантару, и, наконец, 30 ноября его авангард вступил на улицы Лиссабона, брошенного королём Жуаном VI, бежавшим в Бразилию. 23 декабря Жюно официально стал главнокомандующим
