Связь с монастырем оттеняла ее принадлежность к «чину ангельскому», но, как великая государыня, Марфа Ивановна стояла вне монастырского начала, окруженная людным штатом боярынь и прислужниц – мирянок и стариц – инокинь. К ней перешло все, что осталось из казны и ценной рухляди прежних цариц, а работа восстановленной царицыной мастерской палаты и ее ремесленных слобод скоро восстановила дворцовый обиход государевой матери.
С большим трудом и понятной постепенностью возрождалось из полной разрухи благолепие царского дворца. Вскоре приступлено было к сооружению новых больших государевых хором; постройка закончена в 1614 г., следующий год пошел на внутреннюю отделку их росписью работы иконописцев братьев Моисеевых; литой вызолоченный потолок парадной Серебряной палаты был готов только в 1616 г., и тогда царь справил свое новоселье. Этот дворец оказался недолговечным и почти погиб в пожаре 1619 г.; отстроенный в 1619 г. и только что отделанный заново, он опять сгорел в пожаре 1626 г., пришлось в третий раз «рубить государю новые деревянные хоромы». Огромный московский пожар 1626 г. имел большое влияние на дальнейший ход строительного дела в столице. Сравнительно быстро идет с тех пор развитие каменного строительства, но состояние казны государевой позволило только в 1630-х гг. приступить к сооружению каменных жилых покоев для царской семьи, так называемого Теремного дворца, отделка которого была закончена в 1637 г.
Поустроившись, насколько позволяли средства разоренной столицы, соответственно достоинству царского дворцового чина и обихода, Марфа Ивановна не замедлила отдаться иной важнейшей заботе. Ее царственному сыну «приспело время сочетаться законным браком». Дело было вдвойне важное: предстояло упрочить новую династию, и притом ввести в семью царскую новый элемент, который необходимо было сохранить в согласии с дворцовой средой, подобранной по воле и хотению «великой старицы». Марфа Ивановна остановила свой выбор на Марье Ивановне Хлоповой, из семьи, близкой Романовым, когда они еще жили ссыльными в своей Юрьевской вотчине, в Клину, да и по матери Хлопова была из рода их сторонников, Желябужских. В 1616 г. Хлопова взята на житье к старице Марфе, а затем ее объявили царской невестой и переименовали – согласно допускавшемуся тогда изменению имени – Анастасией в память покойной царицы. С царской невестой возвышалась ее родня: Хлоповым велено служить при государе и «быть при нем близко». На этой почве разыгралась тяжелая драма царской избранницы. Милостивое отношение царя Михаила, видимо привязавшегося к невесте и ее близким, вызвало ревность Салтыковых; с дядей невесты, Гаврилой Хлоповым, у Михайлы Салтыкова вышла ссора в присутствии царя, и царицыны племянники поспешили воспользоваться случайным нездоровьем Марьи Ивановны, чтобы приписать ей какую-то неизлечимую болезнь, злонамеренно скрытую ее родичами. Царскую невесту со всей семьей сослали в Тобольск, отняв данное ей почетное имя.
