отмена регистрации В. И. Черепкова на выборах мэра Владивостока (сентябрь 1998 года), отмена результатов выборов мэра Нижнего Новгорода, на которых победил А. А. Климентьев (март 1998 года), отмена по ряду округов результатов выборов депутатов Владивостокской городской Думы (январь 1999 года).
Бороться за контроль над сложными с точки зрения общественных настроений регионами федеральный центр в эти годы пытался электоральным путем, обычно заменяя лояльного, но слабоизбираемого губернатора перед выборами на казавшуюся более избираемой фигуру.
Эффективность подобной системы вызывала существенную критику, так как, в первую очередь, она не могла обеспечить в стране единого правового пространства и проведения согласованной государственной политики во многих важнейших областях. Во-вторых, она начинала угрожать самой федеральной власти.
Показательно, что даже в эти годы федеральный центр старался внести в процесс регулирования правил региональной политической жизни и отношений с регионами некоторые элементы унификации, исключающие наиболее явные девиации и злоупотребления, стремясь минимизировать все более явные отклонения ряда регионов от базовых принципов политико-институциональной системы государства с помощью принятия соответствующих федеральных законов и решений судов по наиболее вопиющим фактам несоответствия принимаемых в регионах институционально-политических решений.
18 января 1996 года в постановлении по делу об Уставе Алтайского края (2-П от 18 января 1996 года) Конституционный суд сделал вывод, что главы исполнительной власти регионов (по аналогии с устройством федеральной власти) должны избираться всенародно.
Федеральный закон № 124-ФЗ «Об основных гарантиях избирательных прав и права на участие в референдуме граждан РФ» от 19.09.1997 провозгласил приоритет данного закона над региональными и другими федеральными законами о выборах, унифицировав целый ряд норм. Было установлено, что выборы на любую должность (включая губернатора) признаются несостоявшимися в случаях, если в них приняло участие меньшее число избирателей, чем это предусмотрено соответствующим законом (сколько именно, регион по-прежнему решал сам), либо если число голосов, поданных за кандидата, набравшего наибольшее число голосов, меньше, чем число голосов, поданных «против всех кандидатов». Было установлено, что срок полномочий выборного органа власти (в том числе главы региона) не может превышать 5 лет. Ранее на семилетний срок в 1995 году был избран президент Калмыкии К. Н. Илюмжинов. Было закреплено, что не менее одной трети членов избирательной комиссии должно быть назначено на основе поступивших предложений избирательных объединений, избирательных блоков, имеющих фракции в Государственной Думе, а также в законодательном (представительном) органе государственной власти субъекта РФ. Также было защищено безусловное право представительства в избирательных комиссиях
