1793 г. генерал Бернонвиль производит его в дивизионные генералы.
17 мая 1793 г. под началом генерала Кюстина де Пюлли отличился в сражениях против пруссаков при Гершхайме и Райнцаберне. Затем Пюлли возглавил корпус Мозельской армии в Вогезах, но его заподозрили в том, что он оставил лагерь Хорнебах с целью эмигрировать.
Несмотря на оправдательное письмо Комитету общественного спасения 1 августа 1793 г. де Пюлли отставили от должности и 14 апреля 1795 г. уволили из армии.
К активной службе он смог возвратиться уже 26 сентября 1795 г., однако ему пришлось ждать до 12 мая 1796 года, когда Директория подтвердила его реабилитацию, и назначила генеральным инспектором кавалерии Рейнско-Мозельской армии.
22 апреля 1797 г. он – генеральный инспектор кавалерии Итальянской армии.
Шарль Жозеф де Пюлли – один из первых генералов, пошедших на службу к генералу Бонапарту после государственного переворота 18 брюмера в пользу последнего.
9 января 1800 г. – командующий 15-го военного округа в Руане.
24 марта присоединился к Рейнской армии.
17 ноября – к Армии Граубюндена под командой генерала Макдональда. Командуя дивизией у него, он отличился при переправе и взятии Сан-Альберто и Трента 7 января 1801 г. После приостановления военных действий, он занял часть Тироля.
С 11 сентября 1801 г. командовал кавалерийским корпусом Цизальпинской республики.
6 сентября 1805 г. он – командир 5-й пехотной дивизии.
23 сентября 1805 г. возглавил кирасирскую дивизию Итальянской армии маршала Массена, решавшей стратегические задачи – не дать эрцгерцогу Карлу соединиться с русскими в перед Аустерлицем, с которой отличился при переходе через Тальяменто и через Изонцо.
30 сентября 1806 г. – инспектор кавалерийских депо Итальянской армии и Армии Неаполя.
7 октября 1807 г. – генеральный инспектор кавалерии Итальянской и Неаполитанской армий, а также 27-го и 28-го военных округов.
С 1 апреля 1809 г. де Пюлли отменно командовал 2-й драгунской дивизией Итальянской армии в ходе очередной войны с австрийцами.
После этого в его боевой биографии наступил длительной период когда он в основном занимался организацией драгунских полков и их депо, инспекцией всей кавалерии кавалерийских депо в разных военных округах.
В 1810—11 гг. – генеральный инспектор всей кавалерии, расквартированной в Италии.
7 мая 1811 г. – генеральный инспектор кавалерийских депо 6-го и 18-го военных округов.
5 января 1812 г. назначен губернатором Императорского дворца Мёдон, занимался организацией в Версале 1-го полка Почётной гвардии, который и возглавил 8 апреля 1813 г.
Снова на войне де Пюлли оказался лишь когда она пришла во Францию в 1814 г., воюя с союзниками в составе 2-й гвардейской кавалерийской дивизии генерала Дефранса. Он сражался при Ла-Ротьере, Монмирале, Шато-Тьерри, Реймсе и Арси-сюр-Обе.
При Первой Реставрации Бурбонов остался на службе.
