XII–XIII вв. стал для русского зодчества переломным. В результате нашествия монголов архитектура Древней Руси понесла невосполнимые утраты. Строительная деятельность практически во всех русских землях (даже в Новгороде, не затронутом нашествием) была прервана, что имело своим следствием распад и исчезновение строительных артелей, утрату мастеров, владевших навыками строительства, забвение строительных методик, передававшихся в основном изустно.
В то же время в первой половине XIII столетия формируется новый тип храма, который окончательно отрывается от создавшего его византийского прототипа. «Если поставить в один ряд памятники древнерусского зодчества XI, XII и XIII вв., – писал О.М. Иоаннисян, – нетрудно заметить, что последние уже лишь в общих чертах сохраняют воспринятую в конце X в. из Византии типологическую схему храма, в области же архитектурных форм и объемов, организации пространства и композиционного построения они представляют собой качественно новое явление, лишь базирующееся на византийской традиции, но являющееся уже самостоятельным национальным вариантом храмовой архитектуры в общей системе восточнохристианского зодчества».
В это время каменное строительство захватывает обширные территории. Если ранее каменные храмы строились по преимуществу в больших городах, то теперь такие храмы появляются в небольших городах удельных княжеств (этому способствует формирующееся «региональное сознание» жителей отдельных княжеств) – Путивле, Ростове, Торжке, Дмитрове, Суздале и др. Взаимообмен мастерами и строителями между княжествами привел к тому, что смоленские мастера приносят новые архитектурные формы в Новгород, а в Смоленскую архитектуру новшества вносят мастера из Полоцка. Становится иным и строительный материал – на смену плинфе (основному строительному материалу домонгольской Руси) приходит брусковый кирпич.
Новгородская и Псковская земли стали немногими территориями Руси, на развитие которых существенно повлияли два фактора – самостоятельность и недостижимость для монголов. Благодаря этому с конца XII столетия новгородская и псковская архитектура постепенно приобретает свой неповторимый стиль. Следует отметить, что в прошлое уходят монументальность и величие, присущие новгородской Софии или Георгиевскому собору – больше таких зданий не строят. В то же время в большом количестве строятся плотные, приземистые посадские церкви – кубовидные, однокупольные, с тремя апсидами, органично вписывающиеся в жилую застройку. Таковы храмы Петра и Павла на Синичьей горе (1185 г.), Апостола Фомы на Мячине (1195 г.), Ильи на Славне (1198 г.), Спаса на Нередице (1198–1199 гг.). Последний был знаменит уникальными фресками, которые погибли вместе с храмом в 1941 г.
В XIII и в первой половине XIV в. в новгородской архитектуре складывается новый упрощенный тип храма: с одной алтарной апсидой вместо трех, с восьмискатным покрытием и с узорчатым украшением стен в виде впадин различной
