Реку Ждановку, отделяющую Петровский остров от Петроградского, называли «протокой болотной», а всю окрестную местность – Мокрушами. Глубокие топи находились в районе Михайловского сада и Михайловского замка, вблизи нынешнего Гостиного двора, а также на месте Технологического института. Фонтанка, которую тогда называли Ериком, вплоть до елизаветинского времени представляла собой болотную речку, которая образовывала в своем течении острова и заводи.
Несмотря на значительное количество финских и русских деревень, хуторов и мыз, издавна разбросанных по берегам рек и проток невского устья, местность была малонаселенной и дикой: так, в 1714 году волки съели двух солдат, стоявших на часах у пушечно-литейной мастерской. Для того чтобы построить здесь столицу, все эти топи и леса предстояло отвоевать у природы.
Полтора столетия спустя, мысленно возвращаясь к петровскому времени, маркиз де Кюстин недоумевал: «Странная идея для русского, создать столицу славян у финнов, против Швеции, сосредоточить администрацию обширнейшей империи на самой отдаленной оконечности этой империи: выражать намерение приблизиться к Европе, удаляясь от Польши и Германии; и заставлять всех окружающих, чиновников, двор, дипломатический корпус жить под небом, самым немилосердным, одного из самых негостеприимных уголков земли, какой себе можно представить. Место болотистое. Нева значит по-фински „грязь“». Гадали над странностью выбора царя-реформатора и современники.
Немец Геркенс, посетивший Петербург в 1710 году, так описывал погодные условия невского устья: «Климат в этой местности и зимой, и летом очень суров, холоден, с ветрами, туманами, дождем или снегом и вследствие многочисленных болот весьма нездоров. Обыкновенно свыше полугода длится постоянная морозная зима (обычную для Германии зиму в сравнении с нею можно было бы счесть настоящим летом), а в остальное время, помимо июня и июля, по большей части стоит сплошь апрельская и осенняя погода. Поэтому жителям приходится одеваться в теплые одежды или шубы и сапоги. Ведь если один только день идет дождь, то пешком уже нигде не пройдешь, повсюду застреваешь в грязи».
Болота, холод, грязь и бесконечный дождь, впрочем, не были самыми большими невзгодами. Гораздо сильнее досаждали осенние паводки. Уже в августе 1703 года в Петербурге состоялось первое в его истории наводнение. Всего с момента основания и до смерти Петра Петербург пережил 13 наводнений. Сам Пётр в своем письме Меншикову так описывал бурю, разыгравшуюся на Неве 9 (20) сентября 1706 года: «Третьего дни ветром вест-зюйд-вест такую воду нагнало, какой, сказывают, не бывало. У меня в хоромах было сверху пола 21 дюйм, а по городу и на другой стороне по улице свободно ездили на лодках. Однако же недолго держалась, менее трех часов. И зело было утешно смотреть, что люди по кровлям и по деревьям, будто во время потопа, сидели…» Письмо это было помечено: «Из парадиза». В 1723 году царю было уже не до утехи: в этот раз уровень воды достигал 2 метров 72 сантиметров, стихия уничтожила Летний сад, вырвав с корнем деревья,
