В Симферополе Батюшков сжег всю свою библиотеку, исключая Евангелие и почитаемого им французского поэта-романтика Шатобриана (позже он называл его «Шатобрильянтом», при этом многозначительно поглядывая на небо). В том же Симферополе он трижды покушался на самоубийство (выбрасывался из окна; в первый весенний день 1823 года пытался перерезать себе горло). Со свежим шрамом на шее, в сопровождении двух санитаров и врача-психиатра, был отправлен в Петербург. Очевидно, в крымский период болезни у поэта были и галлюцинации: полагал, что в печке у него спрятался министр иностранных дел Нессельроде, который следит за ним.
По распоряжению царя Александра I Батюшкову были предоставлены бессрочный отпуск и субсидия для лечения в Германии. Там, в городе Зонненштейн, консилиум врачей нашел его болезнь неизлечимой. Батюшков подал царю прошение о пострижении в монахи то ли в Соловецком, то ли в Белозерском монастыре. Но отпуск его продлевался из-за болезни, лишь в 1833 году Николай I уволил его со службы, назначив весьма немалую пожизненную пенсию.
Из Германии Батюшков возвращается в Москву. Весной 1830 года заболел тяжелым воспалением легких. Пушкина, пришедшего его навестить, он не узнал. В Москве его держали в отдалении от людей. В 1832 году поэта перевезли в Вологду, и он жил в семье своей внучатой племянницы А. Г. Гревенс, в доме которой в 1855 году от «тифозной горячки» и умер.
Благодаря записям Антона Дитриха, лечащего врача вологодского периода, о состоянии поэта известно немало. В первое время Батюшковым овладевали приступы бешенства, его приходилось удерживать, чтобы он не нанес вреда самому себе и окружающим. В 1840 году на смену возбуждению пришла апатия. Он проводил время праздно, предпочитая уединение, не выходил из своей комнаты и не любил, когда к нему входили (это типичные проявления так называемого шизофренического дефекта). К некоторым людям проявлял необъяснимую ненависть, хотя других очень любил.
Следует отметить, что шизофреническая апатия, в отличие от подобных проявлений другого происхождения, не абсолютна – она изменчива и неожиданно сменяется глубокими чувствами. Так было и у Батюшкова: он искренне полюбил маленького брата А. Г. Гревенс, Модеста, и, когда мальчик на шестом году жизни умер, горько его оплакивал. Он даже завещал, чтобы его похоронили возле Модеста в Спасо-Прилуцком монастыре, что и было позже исполнено.
Отмечено, что и во время болезни Батюшков много читал, иногда принимался рисовать, причем странно: вырезал фигурки птиц и зверей из бумаги, раскрашивал их в неестественные цвета с вкраплениями золотой и серебряной фольги. Очевидно, аутизм (уход в себя, уединенность) преобладал над апатией.
Иногда в разговоре с симпатичными ему людьми у Батюшкова вырывались горькие признания. Так, уже престарелый поэт говорил своему племяннику: «Возьму почтовых лошадей, сяду в экипаж и отправлюсь в Париж, проеду верст 80 или 100, а в это время дорога-то передо мной и поворотится – смотрю, меня прямо, никуда не сворачивая,
