Собором русских епископов без участия Константинопольского патриарха. С тех пор Русская Церковь стала автокефальной. 29 мая 1472 г., во время работ по возведению в Москве нового Успенского собора, состоялось обретение нетленных мощей святителя, от которых исходило благоухание. Вскоре от них произошло два исцеления: 6-летнего сына священника и Селивана Рязанца, имевшего «внутри болячку». Мощи Ионы почивают в серебряной раке с балдахином, под роскошной сенью с иконой «Спас Нерукотворный» и картиной художника XIX века, изобразившего митрополита перед распятием.
По словам историков, после нашествия французов все в соборе было осквернено и разграблено, только массивная серебряная рака с мощами святителя Ионы осталась нетронута. Французы несколько раз пытались ее вскрыть, но каждый раз на них нападал неописуемый страх. По преданию, сам Бонапарт, вскрыв раку митрополита Ионы, увидел грозящий ему перст святителя. Испугавшись, он приказал не трогать эту святую гробницу и поставил возле нее часового.
У северной стены собора находится гробница митрополита Макария, венчавшего на царство самого Ивана Грозного. Он известен также как составитель свода жития святых, написанного простым и общедоступным языком, который вошел в историю под названием Макарьевского.
У самого края иконостаса, возле южных дверей, находится рака с мощами святителя Филиппа (Колычева), погибшего от рук Малюты Скуратова.
По преданию, именно здесь, в Успенском соборе, в 1568 году св. митрополит Филипп публично отказал в благословении Ивану Грозному и стал обличать его в многочисленных казнях и пытках, беззакониях и бесчинствах.
«…О Государь! Мы здесь приносим жертвы Богу, а за олтарем льется невинная кровь Христианская. Отколе солнце сияет на небе, не видано, не слыхано, чтобы Цари благочестивые возмущали собственную Державу столь ужасно! В самых неверных, языческих Царствах есть закон и правда, есть милосердие к людям – а в России нет их! Достояние и жизнь граждан не имеют защиты. Везде грабежи, везде убийства и совершаются именем Царским! Ты высок на троне; но есть Всевышний, Судия наш и твой. Как предстанешь на суд Его?», так описывает речь митрополита Филиппа Н. М. Карамзин в «Истории государства Российского».
Я. П. Турлыгин. Митрополит Филипп обличает Ивана Грозного
Грозный пришел в ярость, и над непокорным иерархом был устроен соборный суд, главная цель которого была низложить митрополита. Филиппа обвиняли во множестве мнимых преступлений, до колдовства включительно. Выслушав нелепые обвинения Собора, митрополит сказал: «Государь! Ты думаешь, что я тебя боюсь или боюсь смерти? Нет, лучше быть неповинным мучеником, чем молча переживать ужасы беззакония».
Вскоре после лжесуда, когда митрополит Филипп совершал Божественную литургию в Успенском соборе, в него ворвались опричники в черных одеяниях, сорвали с митрополита архиерейское облачение, одели в грубое монашеское платье и, ругаясь и избивая, вытолкали святителя из храма. Его посадили на простые дровни и увезли в темницу, где держали
