После литургии Иоанн вручает Филиппу пастырский посох, некогда принадлежавший великому митрополиту Петру, с умилением выслушивает поучительное слово Филиппа о высоких обязанностях служения царского, приглашает бояр и высшее духовенство в свои палаты, угощает радушно, празднует приобретение помощника в своем многотрудном государевом деле, подражая, как говорят, величественным манерам митрополита Макария.
Вскоре новый митрополит уже поставляет епископов в епархии полоцкую, ростовскую, казанскую и суздальскую, встречается с Иоанном наедине, в посланиях монастырям повелевает молиться за царя и великого князя, который против Ливонии и Литвы бьется за святые православные церкви. Иоанн, стремясь избежать участия церкви в новых челобитьях или иных выступлениях подручных князей и бояр против опричнины, продолжает подкармливать монастыри подарками, вкладами и льготными грамотами, которыми монастыри освобождаются от натуральной ямской повинности, а монастырские обозы, груженные разнообразным товаром, освобождаются от таможенных пошлин. Привилегии жалуются большей частью монастырям, стоящим в опричнине, но их владениям, расположенным в земщине. Льготные грамоты даются Шаровкиной пустыни, московскому Богоявленскому монастырю, переславскому Федоровскому монастырю, освобождение от податей за оброк получают Чудов, Троицкий Сергиев, Кириллов Белозерский монастыри. Однако ни одной привилегии не удостаивается от царя и великого князя ни митрополит Филипп, ни Иосифов Волоколамский монастырь, оплот любостяжания, а льготные грамоты, только что данные митрополиту Афанасию, митрополиту Филиппу не подтверждаются. Зато князь Владимир Старицкий тут же с явным вызовом щедро раздает в пределах своих новых владений привилегии и самому митрополиту Филиппу, и Иосифову Волоколамскому монастырю, и монастырям царевым, в их числе Чудову, Симонову, Троицкому Сергиеву, Кириллову Белозерскому, переславскому Горицкому, и выходит, что от тайно-враждебных столкновений между удельными и Иоанном монастыри только выигрывают, получая освобождение от даней и пошлин и от той и от другой стороны. Что касается Колычевых, то их выпускают из заточения тотчас после того, как последняя телега посольского обоза скрывается за литовской украйной. Иван Петрович Федоров-Челяднин, несмотря на свое ведущее положение в земской боярской Думе, отправляется на воеводство в Полоцк, самое слабое место во всей обороне, куда неизменно направляют свои набеги литовцы, опала явная в понимании витязей удельных времен, однако опала почетная, дающая возможность, позабыв родословную спесь, отличиться на службе отечеству и загладить вину. Жена Федорова, чуть ли не в день назначения, оскорбительного для чести. Передает громадную родовую вотчину, расположенную в Бежецком верхе, Новоспасскому монастырю, оговорив, как водится, право пожизненного владения, то есть выручает ценную вотчину из обмена, лишнее подтверждение, о чем именно хлопотали крамольные челобитчики. Об остальных арестантах слагают душераздирающие
