уже в ХII-ХIII вв. Они назывались по именам тех кланов, в рамках которых возникали, и в техническом отношении между ними никакой разницы почти не существовало. В провинции Ига они принадлежали знаменитым кланам Хаттори и Оэ, славившимся своим богатством (содержать школу боевых искусств всегда стоило немалых денег), а в провинции Кога сформировалась целая школа Кога-рю, в которой состояло пятьдесят различных семей. Это были полузакрытые секты наподобие обычных самурайских школ боевых искусств, в которых состояли низшие самураи, а в крайне редких случаях и простолюдины. В основном они придерживались доктрины буддийского направления Сингон. Они-то и стали прообразом тех, кого мы называем сегодня «ниндзя». В то время тренировки этого низшего сословия воинов-лазутчиков и шпионов практически ничем не отличались от самурайской подготовки.
Первые ниндзя были одиночками, служившими самурайским кланам и проходившими обучение в их школах. Со временем ниндзя сами стали образовывать кланы разного социального статуса: родоначальниками таких кланов становились и самураи (даже аристократы), и выходцы из простонародья. Представители кланов, не принадлежащих к собственно самурайству, в «гражданской жизни» могли быть и торговцами. Но даже в последнем случае они считали себя не простолюдинами, а воинами: именно в кланах по семейной линии передавалось ремесло лазутчика. Узы родства подкреплялись сознанием мистической общности – принадлежностью к одной секте (обычно Сингон), тайными оккультными ритуалами, которыми была пронизана подготовка ниндзя к его опасной профессии, да и вся его жизнь.
Принадлежность к ниндзя не принято было афишировать – удачно выполненная «работа по найму» могла навлечь месть на исполнителей и их семьи. Но во многих случаях эта принадлежность не являлась секретом для окружающих, особенно в провинциях Ига и Кога. Все мужчины в клане считали друг друга «братьями», хотя среди них чётко выделялись «старшие» и «младшие». Это позволяло поддерживать строгую дисциплину, основанную на подчинении младших старшим и соблюдении всех правил самурайского общения.
Постепенно в среде ниндзя появляется особая иерархия. Все ниндзя делились на три категории – гэнин, тюнин и дзёнин. Дзёнины обычно были лидерами целых кланов и зачастую имели прямые связи со многими сильными правителями. Разработку конкретных операций и руководство ими поручали тюнинам – командирам небольших отрядов, а непосредственными исполнителями были гэнины. Иногда тюнины и гэнины покидали клан и становились «автономными» наёмными шпионами.
Ранние ниндзя защищали свои деревни от набегов бандитов и от разграбления бродячими самураями. Такие отряды самообороны нередко нанимались для сведения счётов между самураями. В ту эпоху ниндзя действовали просто и эффективно, без многочисленных хитроумных приспособлений, которые были придуманы позже.
Упоминания о первых ниндзя были связаны с кровавой страницей в истории Японии – гражданскими войнами Онин, длившимися с 1467
