«ЛЕХИ» перестала существовать. Интересно, что пройдет несколько лет и Харел в качестве руководителя Мосада убедит Бен-Гуриона в целесообразности привлечения к работе в Мосаде бывших членов «ЛЕХИ». Одним из первых был приглашен последний руководитель организации Ицхак Езерницкиий, впоследствии – будущий премьер-министр Израиля Ицхак Шамир. Пожалуй, с разгрома «ЛЕХИ» началось многолетнее непрерывное восхождение Исера Харела на вершины его служебной карьеры. Он отличился в борьбе с правой оппозицией. Через некоторое время он так же себя проявит и в борьбе с левой оппозицией. Ибо он обеспечил себе самое главное на тот момент: поддержку и расположение Бен-Гуриона.
30 июня 1948 г. в Израиле были созданы первые четыре организации разведывательного сообщества нового государства. Среди них – служба внутренней безопасности ШАБАК. Исер Харел был назначен ее руководителем.
Первой операцией Харела на новом посту было взятие под контроль деятельности коммунистов, которые в большом количестве проникали тогда в партию МАПАМ, главную силу, оппозиционнную партии Бен-Гуриона МАПАЙ. Задача была довольно сложной, так как в организации Харела ШАБАК работало много представителей партии МАПАМ. Сознавая пикантность ситуации, Харел создал новую, параллельную ШАБАКу специальную секретную организацию, единственной задачей которой было следить за деятельностью членов МАПАМ. Об этом секрете знали два-три человека в ШАБАКе и столько же в правительстве. Но вскоре секрет перестал быть секретом, разразился скандал. Харел как бы ушел в тень. «Как бы», потому что не в его принципах было отступать от поставленной задачи, особенно если эта задача была поставлена Бен-Гурионом. В ход шли разнообразные приемы: физическая слежка, установка тайных микрофонов (один из таких микрофонов был вмонтирован в рабочий стол руководителя МАПАМ) и многое другое. В конце концов, представители ультралевого крыла партии МАПАМ покинули ее и примкнули к коммунистам. Но Харел извлек из борьбы против правых и левых свои уроки, заявив Бен-Гуриону, что если ШАБАК и впредь будет принимать участие в политических играх в Израиле, израильская общественность откажет этой организации в своем доверии. ШАБАК должен быть выше этого и находиться вне подозрений. Тогда урок был преподан, и Бен-Гурион согласился с доводами Харела. Увы, в дальнейшей истории Израиля ШАБАКу приходилось неоднократно принимать участие в подобных играх. Например, до сих пор не ясны обстоятельства убийства премьер-министра Ицхака Рабина.
Как обычно, Харел прекрасно справлялся со своими обязанностями руководителя ШАБАКа и в какой-то момент он даже почувствовал себя способным на большее. Между тем дела в Мосаде шли не блестяще. Его руководитель Шилоах способствовал роспуску Иститута Алия Бет, передав его функции Мосаду, и политического отдела министерства иностранных дел, который ранее фактически выполнял функции разведывательного органа, и, таким образом, сосредоточил огромную
