февраля 1907 года гондурасцы напали на никарагуанские войска на территории самой Никарагуа. Никарагуанские солдаты думали, что произошла ошибка, и пытались дать понять гондурасцам, что те находятся на чужой территории. Однако гондурасская армия разбила слабый никарагуанский пограничный заслон, захватила городок Лос-Кальпулес и подожгла его, расстреляв двух никарагуанских солдат, захваченных в плен.
Никарагуанцы потребовали компенсировать ущерб и задействовать для мирного разрешения спора подписанный в 1902 году в Коринто договор.
Госсекретарь США Рут попытался навязать Никарагуа американский арбитраж, но Селайя отказался соглашаться на него до тех пор, пока Гондурас не компенсирует причиненный войной ущерб. Американцы старались подключить к посредничеству Мексику (зная симпатии Селайи к этой стране), но мексиканский президент Диас ответил, что переговоры должны происходить только на базе соглашений Коринто. Однако такой вариант означал бы дипломатический успех Селайи и поэтому был для американцев неприемлемым.
Мексиканцы попросили посредничать Гватемалу, Коста-Рику и Сальвадор, но миссия этих стран успеха не имела, во многом потому, что каждая из них имела свои интересы в гондурасско-никарагуанском конфликте.
После краха планов об арбитраже гондурасские войска опять атаковали никарагуанские пограничные селения, но были отбиты. При этом гондурасцами командовал никарагуанский эмигрант, лидер консерваторов Эмилиано Чаморро.
Между тем никарагуанская армия тремя колоннами перешла в успешное контрнаступление 18 февраля 1907 года. Центральная группировка быстро захватила считавшуюся неприступной укрепленную позицию гондурасской армии Сан-Маркос-де-Клон, которую называли «гондурасским Порт-Артуром». Никарагуанские ВМС вышли из Блуфилдса и захватили гондурасские порты Трухильо и Пуэро-Кортес, лишив противника снабжения извне.
Бонилья призвал на помощь сальвадорские войска, и о симпатиях к Гондурасу заявила Гватемала. Мексиканцы стали опасаться, что армии трех стран могут свергнуть Селайю и это приведет к установлению гегемонии США в регионе. Именно поэтому мексиканцы стали настойчиво советовать Селайе прекратить боевые действия. В то же время в Вашингтоне мексиканский посланник защищал Никарагуа. Но в марте 1907 года правительственная армия Гондураса была разбита гондурасскими либералами и никарагуанскими войсками, во многом потому, что впервые в военных действиях в Латинской Америке были использованы пулеметы «максим».
Решающая битва произошла 17-23 марта 1907 года у селения Намасиге, где никарагуанцев поджидала совместная гондурасско-сальвадорская группировка (сальвадорский контингент насчитывал 4000 человек). Никарагуанцы уступали союзникам численностью в четыре раза. В результате упорных боев, в которых никарагуанцы проявили массовый героизм, союзники были разбиты и в панике бежали. Это сражение и решило исход всей войны.
Победа Селайи
