Алексеев назвал их в газетном интервью мучениками, погибающими под пулями и пыткой собственных солдат.
Верховный главнокомандующий «новой» России А. А. Керенский принял отставку генерала-стратега. Тот был назначен «в распоряжение Временного правительства, дабы опыт в военных делах и его знания могли быть использованы и впредь на благо Родины». Официальное сообщение об отставке было опубликовано в «Вестнике Временного правительства» 9 сентября 1917 года.
Бывший Верховный главнокомандующий России, дважды бывший начальник штаба Ставки генерал от инфантерии, сын николаевского солдата-сверхсрочника М. В. Алексеев стал одним из зачинателей Белого движения. То есть его военным вождем в вооруженной борьбе за старую Россию, но не монархию Романовых.
В Петрограде после отставки главный стратег России в Первой мировой войне «остался не у дел». В городе на Неве он создал тайную, преимущественно офицерскую организацию, которая в истории Гражданской войны, в ее прологе получила название Алексеевской военной организации. Датой ее основания считается день 20 октября 1917 года. Квартира Алексеева не раз являлась местом тайных заседаний.
Сведения о деятельности Алексеевской военной организации весьма скудны даже в мемуарах белогвардейцев, поскольку никакая документация в подпольной организации по известным причинам не велась. Многочисленной она не была, имела тайные отделения в Москве и ряде других городов. Да и к тому же существовала, как таковая, недолго.
После Октябрьской революции 1917 года Алексеев под чужим именем выехал из Петрограда на Юг России, в столицу Донского казачьего войска город Новочеркасск. Оставаться ему в красном Питере стало опасно. Перед отъездом он отдал приказание членам созданной им военной организации любыми путями пробираться на свободный от большевиков Тихий Дон, к атаману А. М. Каледину в казачью столицу.
Прибыв в Новочеркасск 2 декабря, генерал Алексеев обосновался в двухэтажном кирпичном доме № 39 на Барочной улице – в бывшем военном госпитале. Там имелись кровати, запасы постельного белья, общая кухня. Этот дом стал для Добровольческой армии «знаковым»: именно здесь стал формироваться первый отряд белых волонтеров.
В самом начале своего пребывания на Дону М. В. Алексеев определился в новой стратегии Белого движения. Составляется план ближайших действий. Поднимая военное знамя Белого дела, Михаил Васильевич ясно понимал, что все придется начинать, как говорится, «с азов». Создавая первые ячейки белого добровольчества, он сознательно делал ставку на фронтовое офицерство, которое, не приняв развал русской армии, не могло принять и власть Советов.
Зная, что российский Юг становится прибежищем большого числа офицеров-корниловцев, по разным причинам оставившим свои части и фронты, М. В. Алексеев пишет статью для новочеркасской газеты «Вольный Дон». С ее страниц бывший Верховный главнокомандующий России обращается к армейскому офицерству со страстным призывом «спасения Родины»:
