Если императоры Маркиан (450–457) и Лев I (457–474) его поддерживали, то Зенон (474–475; 476–491) занял более осторожную позицию: пытаясь примирить монофизитов с диофизитами, он в 482 году издал «Энотикон» – общее изложение веры, в котором о Халкидонском Соборе умалчивалось. «Энотикон» был поддержан Константинопольским Патриархом Акакием († 488), однако Папа Римский Феликс III потребовал от Акакия ясного принятия Халкидонского Собора. Не добившись этого, он в 484 году на Римском Соборе низложил Акакия и отлучил его от Церкви. Так началась первая схизма между Константинополем и Римом, длившаяся 35 лет. Схизма продолжалась при императоре Анастасии I (491–518) и завершилась в 519 году, при императоре Юстине I (518–527), когда Константинопольский Патриарх Иоанн и легаты Римского Папы Гормизды совместно осудили всех отвергавших Халкидонский Собор. В 525 году Константинополь посетил Папа Римский Иоанн I, направленный в столицу империи королем остготов Теодорихом (ок. 454–526), который в то время владел Римом.
Император Юстиниан. Базилика Сан-Витале
Важную роль в истории Христианской Церкви на Востоке сыграл император Юстиниан I (527–565). Этот выдающийся правитель, в 336 году изгнавший из Рима остготов и в последний раз в истории восстановивший политическое единство Римской империи, стремился также восстановить ее религиозное единство. В 537 году он построил в Константинополе собор Святой Софии – самый величественный храм христианского Востока.
В 40-х годах VI века император инициировал пересмотр церковного отношения к ряду богословов, чье наследие оставалось предметом споров. В 542 году император издал эдикт, содержащий 10 анафематизмов против Оригена и последователей его учения. Этот эдикт был рассмотрен и одобрен на церковном Соборе в Константинополе в 543 году. Вместе с Оригеном были осуждены также писатели IV века Дидим Александрийский и Евагрий Понтийский, в чьих сочинениях усмотрели влияние оригенизма.
В 544 году Юстиниан издал новый эдикт, в котором осуждению были подвергнуты Феодор Мопсуестийский, а также возражения Феодорита Кирского (ок. 393 – ок. 460) против Кирилла Александрийского и «Письмо к Марию Персу» Ивы Едесского (V век). Этот эдикт состоял из трех глав, и его стали называть эдиктом «о трех главах» (три главы эдикта смешали с тремя епископами, которые в нем осуждались). Эдикт «о трех главах» был воспринят многими как удар по Халкидонскому Собору, поскольку затрагивал богословов, которые на этом соборе были оправданы. Лишь под угрозой низложения и ссылки этот эдикт подписали восточные патриархи. Однако императору необходимо было добиться подписи Папы Вигилия (537–555), для каковой цели папа был силой доставлен в Константинополь в 547 году. По прибытии в столицу папа сначала категорически отказывался подписываться под императорским эдиктом, однако под давлением василевса вынужден был согласиться. В 551 году Юстиниан издал новый эдикт «о трех главах», под которым папа категорически отказался подписываться. Опасаясь за свою жизнь, Вигилий
