книги Бойля во многом повторяет стилистику Галилеевских «Диалогов о двух системах мира»: в ней безымянный рассказчик повествует об очень вежливой научной дискуссии, в которой участвует четыре человека. Книга начинается с того, что два участника диалога – сторонник Аристотеля Темистиус и приверженец учения Парацельса Филопонус – кратко излагают свои представления о мире, но быстро умолкают. Наиболее горячей является дискуссия между скептиком Карнеадесом и Элеутериусом – прямодушным естествоиспытателем. В конце концов, беседа четырёх человек превращается в монолог-лекцию Карнеадеса. Говоря о сути элементов всего сущего, Карнеадес (его устами, конечно же, говорит сам Бойль) приводит два довода. Первоначально, приводя множество экспериментальных примеров, он доказывает, что ни четыре первоэлемента Аристотеля, ни три первоэлемента Парацельса не могут дать адекватное объяснение сути процессов, происходящих тогда, когда сложные вещества взаимодействуют с огнём или сильными кислотами. Карнеадес-Бойль показывает, что процессы горения и растворения веществ в кислотах скорее могут приводить к образованию новых соединений, а не простых и не смешанных ни с чем тел, предполагая, что никакие комбинации ни трёх, ни четырёх первоначал не могут дать то богатство веществ, которое уже было известно к тому времени.
Второй тезис Карнеадеса был более спекулятивен и более опасен с теологической точки зрения. Бойль был уверен, что настоящими составными частями любого тела или вещества являются мельчайшие частицы – атомы, которые «…различаются только размером, формой, текстурой и характером движения…». Идеи атомизма были предложены в античности Левкиппом и Демокритом и позже развиты Эпикуром, но поскольку эпикурейский атомизм отрицал существование божественных и сверхъестественных сил, обвинение в атомистской ереси было очень опасно и, как правило, ничего хорошего обвиненному не предвещало (в одно время даже существовала версия, правда ничем не подтвержденная, что знакомый с Галилеем Папа Урбан сделал так, чтобы Галилея обвинили только в коперникианстве, но не в эпикурейском атомизме, иначе Галилей вполне мог повторить судьбу Джордано Бруно).
Тем не менее, в середине семнадцатого века классические труды античных атомистов были переведены, напечатаны и уже служили поводом для обсуждения учёными мужами своего времени, например, французским астрономом Пьером Гассиенди, правда клирики всех христианских конфессий всё ещё относились к атомизму враждебно. Тем не менее, набожный (хотя временами и мысливший неортодоксально) Бойль, который финансировал перевод Евангелий на многие языки, в том числе турецкий и гаэльский (язык коренных обитателей Ирландии), не видел причины того, почему Всемогущий Господь не мог бы создать Вселенную, состоящую из атомов, предполагая, как в своё время Демокрит, Левкипп, Эпикур и Вергилий, что атомы соединяются друг с другом пазами и выступами,
