Регент Педру осаждает замок и вынуждает Элеонору Арагонскую бежать за пределы Португалии. В то же время он очень заботливо обходится с её дочерьми, своими племянницами, назначив им воспитателей из знатнейших родов страны. Так, принцесса Элеонора воспитывается в семье де Кастро, графов де Атогуя. Когда Афонсу «V» достигает своего совершеннолетия и пожелает править самостоятельно, его дядя Педру не желает добровольно расставаться с властью регента. Между отрядами, поддерживавшими Афонсу «V» и Педру соответственно, происходит сражение, в самом начале которого Педру смертельно ранен стрелой. После этого Афонсу «V» займёт окончательно португальский престол. Как и его дядя, он станет поддержкой для своих сестёр.
Сватовство Фридриха, будущего императора Священной Римской империи германской нации к португальской принцессе продолжается довольно длительное время. Идея такого брака первоначально принадлежит Изабелле Португальской, тётке принцессы Элеоноры (и сестры Педру), которая замужем за герцогом Бургундии Филиппом «III». Также посредником при заключении этого брака выступает дядя принцессы Элеоноры по материнской линии, король Неаполитанский Альфонс Арагонский, один из самых могущественных государей Средиземноморья. Именно в Неаполе проходят все переговоры по устройству этого брака. Сюда Фридрих, придававший большое значение внешности невесты, присылает в 1448 году своих послов и художника, который должен написать «правдивый» портрет принцессы Элеоноры. Уже из Неаполя послы с художником прибывают в Португалию. Здесь в это время происходит та смена власти, при которой погибает Педру, однако это не сказывается на португальской позиции в отношении брака Элеоноры и Фридриха. Тем не менее, несмотря на то, что сообщения послов и портрет невесты находят одобрение у императора, окончательного ответа он не даёт – пока не появляется новый претендент на руку Элеоноры Елены, сын французского короля. Тогда к ускорению заключения свадебного соглашения приходится подключиться будущему папе римскому Пию «II» (Энеа Сильвио Пикколомини, служившему у Фридриха секретарём). Окончательно соглашение составляется в Неаполе. Невеста приносит с собой приданое в размере 60 тысяч гульденов. 50 тысяч из них передаётся в распоряжение Фридриха, а 10 тысяч полагаются на переезд невесты. Соответственно Фридрих должен в империи передать жене земельные владения стоимостью в 60 тысяч гульденов.
Путешествие по морю из Арагона в Италию, где должны встретиться принцесса Элеонора и Фридрих, проходит в исключительно тяжёлых условиях. На свадебную флотилию нападают пираты, и её корабли рассеяны штормом. В результате распространяются слухи, что принцесса в пути погибает. Элеонора встретится со своим женихом в Сиене в ноябре 1451 года, и 16 марта 1452 года состоится их венчание папой Николаем «V» в Восточном Риме (Константинополе). Через 3 дня после этого король Германии Фридрих «IV» коронован как император Фридрих «III» Габсбург. Свадебные торжества проходят под эгидой дяди Элеоноры Елены Альфонса «V» Арагонского в Неаполе (второе имя –
