«розкриття» шифролистування супротивника дешифрувальна служба ГРУ була передана до 5-го спецвідділу НКВС. 3 листопада наказом НКВС №002424 на базі 5-го спецвідділу, до якого увійшли 7-й відділ (дешифрувальний) 2-го Управління ГРУ та частини спецслужби внутрішніх військ НКВС (радіорозвідка) було утворено 5-е Управління НКВС. Його начальником став старший майор держбезпеки Шевельов, а його заступником – комісар держбезпеки Копитцев.
Ще у квітні-травні 1941 року в криптослужбу НКВС було мобілізовано близько 50 молодих учених з Московського державного університету (далі – МДУ) – математиків і фізиків, а також випускників Військової академії зв'язку. Вони не тільки змогли швидко знайти в ній своє місце, але й привнесли в криптоаналітичну роботу нові ідеї. Якщо «старі» фахівці уміли копітко, крок за кроком накопичувати інформацію про ключ шифру супротивника, то математики, аналізуючи логіку побудови лише частково відомого ключа, знаходили алгоритми його істотного поповнення. Інженери і фізики почали створювати та впроваджувати в аналіз шифрів допоміжну техніку. Ці два чинники сприяли здійсненню якісного стрибка в розкритті ключів вермахту, що часто мінялися.
У грудні 1942 року на базі Школи особливого призначення 5-го Управління НКВС і 3-го учбового відділення Вищої школи Генштабу була організована Спеціальна школа 5-го Управління НКВС у складі двох відділень з 10-місячним терміном навчання. Перше відділення цієї школи готувало кадри криптоаналітиків для дешифрування військового листування, а друге відділення – дипломатичного листування.
У роки Вітчизняної війни криптопідрозділи дешифрувальної служби поповнювалися в основному за рахунок тих, що закінчили Спеціальну школу 5-го Управління НКВС, в якій було підготовлено багато провідних фахівців. Отримувані в школі спеціальні і мовні знання дозволяли її випускникам швидко включатися в роботу з криптоаналізу та дешифрування. Спеціальна школа, а також ряд криптопідрозділів, що знаходилися в Уфі, підпорядковувалися Копитцеву. Частини спеціальної служби військ НКВС здійснювали ведення радіорозвідки. На них покладалися завдання розвідки ефіру, здійснення радіоперехоплення, шифрованого радіолистування, попередньої обробки цих даних з радіомереж і окремих радіоточок.
У складі 5-го Управління була також утворена Криптографічна Рада для організації і координації наукових досліджень і підготовки наукових кадрів у спецслужбі (за роки війни розглянула більше 60 питань і проблем за основними напрямами спеціальної роботи).
14 квітня 1943 року у зв'язку з наближенням радянських військ до кордонів СРСР рішенням Політбюро ЦК ВКП (б) № П 40/91 «Про утворення НКДБ СРСР» і ухвалою РНК СРСР №393—129сс зі складу НКВС знову був виділений НКДБ. Шифрувально-дешифрувальна справа та спецзв'язок перейшли до 5-го Управління НКДБ. Його начальником став комісар держбезпеки Шевельов, а його заступниками – комісар держбезпеки Копитцев і старший майор держбезпеки Сергій Вікторович Покотіло.
Для ведення шифролистування у складі
