Богородице-рождественского кафедрального собора. Поскольку кафедральный собор был взорван, епископ решил самый большой из сохранившихся храмов – церковь Рождества Богородицы сделать кафедральным. В этом храме ранее размещался кинотеатр «Иондоз» («Звезда»). Однако, несмотря на то что о. Борис был официально назначен настоятелем храма, после длительного ожидания ему пришлось пойти на самозахват здания, так как власти затянули передачу здания бывшего кинотеатра РПЦ. После этого власти подтвердили передачу здания в распоряжение РПЦ. Конфликт имел широкий резонанс, в нем принял участие сам президент М. Рахимов, который после выяснения отношений с о. Борисом намекал архиепископу, что того желательно заменить. Однако реакция архиепископа Никона была противоположной: архиепископ немедленно произвел отца Бориса в протоиереи и даже удостоил всевозможных наград, чтобы обезопасить его и повысить его авторитет. Тем не менее непослушный клирик создавал владыке слишком много проблем. В январе 1998 г. власти республики изменили свое отношение к возрождению храма Рождества Богородицы. Был создан попечительский совет во главе с Председателем Государственного собрания республики М. Зайцевым, который объединил усилия руководителей нескольких крупнейших предприятий для оказания помощи в восстановлении храма. После того как власти пошли на уступки, архиепископ Никон перевел о. Бориса в другой приход, а затем он, по собственному желанию, переехал в Москву. В 2003 г. о. Борис был направлен служить в Италию, где до своей кончины в 2011 г. был настоятелем храма РПЦ в Вероне.
По мере того как церковь в остальных субъектах Федерации получала все больше прав и возможностей, среди мусульман и в Уфимской епархии РПЦ росло недовольство политикой администрации Рахимова, направленной на ограничение роли религии в общественной жизни республики. Как вызов республиканским властям можно рассматривать начавшееся в 2007 г. воссоздание (по инициативе и на средства главного политического врага Рахимова А. Веремеенко) взорванного в 1932 г. Воскресенского кафедрального собора Уфы. Однако уже в 2009 г. «в связи с экономическим кризисом» наполовину завершенное строительство собора было заморожено.
В 2009 г. разыгрался первый и единственный публичный конфликт между администрацией Рахимова и православной епархией (во главе с архиепископом Никоном). Президент Башкортостана сделал несколько резких заявлений против преподавания православия (и вообще религии) в государственной школе. На состоявшейся в апреле 2009 г. в Уфе конференции «Национально-государственные образования в истории и политической практике российского федерализма» президент Рахимов от имени курултая (т.е. башкирского парламента) высказал критическую оценку деятельности федеральной власти, в том числе и за проводимую в школах России «православизацию». Президент Башкирии выразил беспокойство в связи с ограничением прав народов России на «национально-культурное развитие», что,
