ходе войны большинство городов Греции перешли на сторону одной двух главных противоборствующих в ней сил. Отчасти такие союзы были продиктованы прежними отношениями, отчасти текущими соображениями, однако, по уверению Фукидида, в этой войне присутствовал и идеологический элемент, который спровоцировал гражданские конфликты почти в каждом городе. Внутренние споры перерастали в вооруженные стычки благодаря апелляции к внешней поддержке – «повсюду происходили раздоры между партиями демократической и олигархической, причем представители первой призывали афинян, представители второй – лакедемонян». В ходе внутренних распрей на Керикире одна из сторон судила укрывшихся в храме 50 своих противников и приговорила их к смерти. Осужденные на казнь, чтобы избавить себя от этой участи, убили друг друга или повесились сами. Однако это не остановило насилия, «происходило все то, что обыкновенно бывает в подобные времена, и даже больше: отец убивал сына, молящих отрывали от святынь, убивали и подле них; некоторые были замурованы в святилище Диониса и там погибли». Эта резня, продолжавшаяся на протяжении недели, зафиксирована Фукидидом во всех ее неприглядных подробностях.
Фукидид свидетельствует и том, как, по крайней мере, в трех отдельных случаях афинянам предлагалось заключить мирные соглашения на разумных условиях и как после открытого обсуждения на собрании все предложения были отклонены. Причем в этих решениях не было ничего вынужденного: Афинам не приходилось вступать в войну ради обороны, они могли завершить ее без ущерба для своего могущества и престижа. Но граждане полагали, что Афины слишком великое государство, чтобы смириться с поражением или даже с равноправным миром. Еще важнее оказалась сама история конфликта – после гибели стольких своих жителей город не мог согласиться на мир, который попросту восстанавливал довоенный расклад сил. Афинам, поставившим себя перед дилеммой, не оставалось другого выбора кроме как между великой и славной победой и полным разгромом.
Фукидид был первым историком в современном смысле. Его раздражали объяснения, для которых привлекались сверхъестественные силы, и, в отличие от Геродота, не интересовали поучительные случаи, не имевшие отношения к предмету разговора. Точно так же ему не требовалось предание в качестве ориентира, помогающего понять прошлое. К примеру, он без сожаления развенчивает древнюю легенду о женихах Елены – согласно которой вожди, искавшие ее руки и получившие отказ, решили сплотиться вокруг избранного ею мужа, – говоря, что герои присоединились к Агамемнону просто потому, что тот имел крупнейшее войско в Греции и не потерпел бы отказа. Фукидид специально подчеркивает, что не собирается довольствоваться приведением общих соображений или повторять чужие слухи: «Я не считал согласным со своею задачею записывать то, что узнавал от первого встречного, или то, что я мог предполагать, но записывал события, очевидцем которых был сам, и то, что слышал от других, после точных, насколько возможно,
