Ирина Евгеньевна широко приглашала исследователей архитектуры, искусствоведов и археологов самого разного профиля из Москвы, Ленинграда, Тарту и пр., в том числе, естественно, музейщиков. Научная проблематика конференций часто была связана тематически со значительными выставками, которые проводились в стенах ГМИИ. Кроме того, И. Е. Данилова организовывала научные заседания, так называемые «Научные среды». Среди приглашенных на конференциях и на «средах» бывали крупные ученые и просто яркие и популярные фигуры, такие как Л. Е. Пинский, Ю. М. Лотман, Б. А. Успенский, А. Я. Гуревич, Е. Г. Эткинд, М. Л. Гаспаров, Н. Я. Эйдельман, Б. В. Раушенбах, Л. М. Баткин, С. С. Аверинцев и многие другие. Но самое главное, что в условиях ощутимых (а временами и жестких) идеологических рамок советского времени Ирине Евгеньевне удавалось создавать свободную и живую атмосферу интеллектуального общения высокого уровня. Материалы конференций почти неизменно публиковались, несмотря на финансовые затруднения.
И. Е. Данилова проводила ежегодные отчетные сессии по итогам научной деятельности Музея, тезисы их публиковались. Ирина Евгеньевна сама фактически руководила редакционно-издательским отделом, следила за подготовкой научных сборников и сообщений. Значительное время она тратила на библиографическую работу по комплектованию научной библиотеки, единственной в Москве, куда поступала столь обширная подборка литературы и периодики по зарубежному искусству, прежде всего итальянскому.
В 1970–1980-е годы в ГМИИ пришло новое поколение молодых сотрудников разного профиля, от античников-археологов до специалистов по новейшим течениям искусства XX века. К этому времени аспирантуры в музее давно не было, у многих из новых сотрудников были свои научные руководители в МГУ, Институте археологии, в Государственном Эрмитаже и пр. Однако Ирина Евгеньевна всерьез погрузилась в работу с молодежью и в значительной мере взяла на себя функции научного руководителя аспирантуры. Она учредила ежегодные молодежные конференции с публикацией тезисов и обсуждениями оппонентов, проводила специальные научные заседания с молодыми, поверх административной иерархии отделов музея следила за развитием каждого из очень разных начинающих исследователей. В этом, безусловно, сказался ее многолетний преподавательский опыт. Я не знаю, были ли когда-либо у И. Е. Даниловой свои аспиранты, но все мы, работавшие в музее в 1970–1980-е годы молодыми научными сотрудниками, можем считать себя ее учениками, хотя тогда мы этого даже не осознавали.
Ирина Евгеньевна и собственную исследовательскую деятельность ориентировала на музей. Как отмечает И. А. Антонова, И. Е. Данилова «постоянно расширяет сферу своих интересов»[25]. Так, она всерьез обратилась к проблемам европейской картины, этой темой она и впоследствии занималась на протяжении многих лет. В частности, Ирина Евгеньевна опубликовала программную книгу «От Средних веков к Возрождению. Сложение художественной системы картины кватроченто»
