Буденный, а затем получил пост в Академии имени Фрунзе для замены попавших под чистку преподавателей.
Произведенный в июне 1940 году в генерал-майоры (вместе с Василевским и многими другими), Антонов во время массовых чисток командного состава в январе 1941 года сменил генерал-лейтенанта Г. К. Маландина на посту заместителя начальника штаба Киевского особого военного округа, где и встретил начало войны. Он пережил позорные поражения Красной Армии летом 1941 года под Киевом и в мае 1942 года – под Харьковом. В декабре 1942 года Василевский перевел Антонова в Генеральный штаб, где тот служил одновременно начальником оперативного управления и первым заместителем начальника Генштаба. Передав в мае 1943 года свой пост в оперативном управлении Генштаба С. М. Штеменко, Антонов стал первым заместителем начальника Генштаба и занимал эту должность до февраля 1945 года, когда сменил Василевского и стал полноправным начальником Генштаба.65
Во время своей службы в Генеральном штабе Антонов принимал участие в планировании и контроле за проведением всех крупных операций Красной Армии после декабря 1942 года.
В качестве награды за превосходную службу в феврале 1945 года вместе с Василевским он был назначен членом Ставки. Он также служил советником Сталина на самых важных конференциях союзных держав – в том числе на Ялтинской и Потсдамской в феврале и в июле-августе 1945 года. Образцовое профессиональное мастерство и здравые стратегические суждения Антонова заслужили уважение Сталина и пиетет со стороны всех, кто работал с ним или под его руководством. Кроме того, встречавшиеся с ним иностранцы соглашались с мнением президента США Трумэна о том, что Антонов был «высокоэффективным штабным офицером и администратором».66
Единственным авиатором в этой группе высших офицеров Ставки был Александр Александрович Новиков, самый выдающийся руководитель советских ВВС времен Второй мировой войны.67 Ветеран Гражданской войны, Новиков закончил в 1922 году пехотное училище «Выстрел», а в 1927 году – Академию имени Фрунзе. Во время учебы в академии он изучал стратегию под руководством М. Н. Тухачевского и оперативное искусство под началом В. К. Триандафилова и проникся комбинированной концепцией глубокого сражения и глубокой операции, проводимых совместно танковыми, воздушными, артиллерийскими и воздушно-десантными силами. Прослужив в Белорусском военном округе под началом И. П. Уборевича, Новиков перевелся в авиацию и прошел летную подготовку.
Однако вскоре после производства в 1936 году в полковники Новиков был уволен со службы и арестован – предположительно за связь с попавшим под чистку Уборевичем и другими командирами. Каким-то чудом Новиков пережил это событие без физического ущерба. Он уцелел, продолжив службу в качестве начальника штаба, а затем командующего ВВС Ленинградского военного округа. На этом посту он и встретил начало войны.
В июле 1941 года Новиков командовал ВВС Северного фронта и Северо-Западного
