В. Рокицким через подземные каналы ушла в район Центр.
28 сентября начались окончательные переговоры о прекращении восстания. 30 сентября 1944 года, накануне капитуляции, президент Республики Польша из Лондона Владислав Рачкевич назначил командующего Армией Крайовой генерала Тадеуша Бур-Комаровского Верховным главнокомандующим польскими вооружёнными силами.
1 октября по приказу генерала Тадеуша Бур-Комаровского повстанцы прекратили огонь. 2 октября 1944 года Тадеуш Бур-Комаровский подписал капитуляцию; сдавшимся участникам восстания из Армии Крайовой был гарантирован статус военнопленных. 2 октября в штабе корпуса Баха-Залевского в Ожарове был подписан акт капитуляции. Через 2 дня повстанцы колоннами начали покидать Варшаву. В плен попало 17 тысяч повстанцев, в том числе 922 офицера и 6 генералов. За 63 дня восстания погибли 10 тысяч повстанцев Армии Крайовой, 7 тысяч пропали без вести. 2 октября 1944 года завершилась более чем двухмесячная трагическая эпопея Варшавского восстания. Армия Крайова в Варшаве капитулировала. Согласно условиям капитуляции повстанцы получили права комбатантов (законных участников войны) и были направлены в лагеря для военнопленных в Германии. Немцы обещали не депортировать мирное население Варшавы, но это обещание нарушили. Погибли десятки тысяч варшавян, в том числе около 16 тыс. бойцов Армии Крайовой. Около 20 тыс. повстанцев попали в плен. Еще 25 тыс. варшавян было ранено. Немцы потеряли убитыми 17 тыс. солдат и офицеров, еще 9 тыс. было ранено и 2 тыс. попало в плен к повстанцам. Доклад фон Дем Баха от 5 октября 1944 года показывает, что потери группы фон Дем Баха, включая лишь этнических немцев и казаков, составили 9044 человека, в том числе 1570 убитых, из них 73 офицера и 44 казака, потери солдат люфтваффе (не включены в цифру потерь группы фон Дем Баха) составили 181 убитыми и 573 ранеными. По некоторым оценкам, общие потери германской стороны, включая коллаборационистов, составили около 3000 погибших и умерших от ран и около 12 000 раненых. Подразделения вермахта потеряли безвозвратно 1 танк Т-V и 2 САУ Hetzer, полицейские подразделения и коллаборационистские воинские формирования потеряли безвозвратно несколько танков. Несколько десятков танков и штурмовых орудий было повреждено. Повстанцы сбили, по разным оценкам, от 1 до 3 германских самолетов. Против них использовали несколько десятков управляемых танков-мин «Голиаф», взрывавших дома и заграждения. Немцы говорили о 200 тыс. погибших повстанцах, но это число преувеличено в несколько раз. По приказу Гитлера город сровняли с землей, а около 200 тыс. жителей депортировали, хотя по соглашению о капитуляции немцы обещали, что к жителям Варшавы не будет применяться принцип «коллективной ответственности» за восстание. В городе осталось лишь 22 тыс. жителей, занятых на обслуживании немецких войск.
В 2008 году Президент Польши Лех Качиньский заявил, что «Варшавское восстание было решением столь же трагическим, сколь и необходимым. Это была последняя попытка сохранить независимость Польши. Советская армия уже входила в пражское предместье Варшавы. У нас за плечами был опыт Вильно и Львова. Было
