за право иметь в базилике свои часовни, а папе Мартину V Колонна (1417 – 1431) пришлось даже запретить гражданским лицам проживание в монастыре. Кульминационной точкой расцвета стали времена правления папы Сикста IV (1471 – 1484), бывшего францисканского монаха Франческо делла Ровере, который даровал братьям множество привилегий в части управления имуществом и святынями.
В XVI веке Капитолий, сохранивший свою притягательную силу и особую энергетику, привлек внимание папы Павла III Фарнезе (1534 – 1549), решившего построить здесь свою летнюю резиденцию, получившую название Башня Павла III. В 1585 году папа-францисканец Сикст V Перетти, передал резиденцию ордену, который разместил в ней штаб-квартиру.
XVI век также принес церкви ряд значительных изменений – в 1514 году при папе Льве X Медичи (1513 – 1521) она получила право заказывать для себя произведения искусства, а через три года ее статус поднялся до кардинальского. Францисканский аскетизм был еще более потеснен комфортом и эстетизмом, когда папа Павел III Фарнезе (1534 – 1549) не только разместил рядом с базиликой свою летнюю резиденцию, но и занялся обустройством Капитолийской площади. К базилике были добавлены ризница и колокольня (взамен недостроенной XIII века), разрушенная апсида заменена хорами, а часть часовен полностью реконструирована. В 1723 году был перестроен и главный алтарь.
Францисканцы обжились на Капитолии с уютом и пользой – в мастерской при церкви святой Риты шили облачения для монахов, а в XVIII веке здесь появились школа теологии и философии и одна из лучших библиотек того времени монастырская Библиотека Эборенсе, основанная францисканцем Джузеппе Фонсека да Эвора. Португальское происхождение основателя библиотеки спасло ее от растворения среди других фондов: когда в 1873 году Итальянское королевство экспроприировало у церкви 69 библиотек для создания национальной библиотеки, Португалия настояла на сохранности единства коллекции, включающей около 20 000 томов.
Английский историк Эдуард Гиббон писал, что идея написания его знаменитого труда «История упадка и разрушения Римской империи» пришла к нему 15 октября 1764 года в тот момент, когда он сидел возле церкви и слушал, как монахи поют Вечерю. Гиббону понадобилось двадцать три года для написания этой замечательнейшей работы.
Французы, не читавшие Гиббона и не испытывавшие пиетета к римским святыням, использовали церковь во время оккупации 1798 года в качестве конюшни. Именно тогда копытами лошадей был значительно поврежден пол в стиле косматеско, а руками людей украдены драгоценности и разломаны часовни, в том числе и часовня святой Елены. После этого францисканский монастырь вместе с церковью был закрыт до 1815 года, но и вновь открытый, он просуществовал только до 1873 года, когда его помещения были конфискованы для казарм городской полиции.
Еще одним испытанием стало строительство мемориала Иль Витториано, во время которого были безжалостно разрушены древняя
