В сентябре отряд влился в 28-ю стрелковую дивизию под командованием В. М. Азина. В декабре был ранен и эвакуирован в Казанский госпиталь. После выздоровления назначен командиром роты в 6-й запасной стрелковый полк. С марта 1920 г. там же в Казани командовал ротой на 16-х мусульманских пехотных курсах. В их составе принимал участие в подавлении Ишимского мятежа 1921 г. в Сибири и в походе против Энвер-паши на Туркестанском фронте (с марта по ноябрь 1922 г.). После войны с ноября 1922 г. командовал ротой в Объединенной Татаро-Башкирской военной школе в г. Казань, с сентября 1929 г. батальоном в 169-м стрелковом полку 57-й Уральской стрелковой дивизии в г. Пермь. С декабря 1931 г. исполнял должность начальника штаба 100-го стрелкового полка 34-й Средне-Волжской стрелковой дивизии в г. Ульяновск. В марте 1932 г. убыл на Д. Восток и затем служил в должности начальника штаба 3-го колхозного стрелкового полка 1-й колхозной стрелковой дивизии Дальневосточного края. В 1936 г. Постановлением ЦИК СССР за боевую подготовку полка был награжден орденом Красной Звезды. С декабря исполнял обязанности командира 177-го стрелкового полка 59-й стрелковой дивизии, входившей в состав ОКДВА и 1-й Краснознаменной армии Дальневосточного фронта. В июле 1938 г. «за связь с врагами народа» был арестован органами НКВД и находился под следствием, а приказом НКО от 24.6.1938 уволен со службы по ст. 43 п. «б». В июле 1939 г. освобожден из-под ареста с полной реабилитацией, а 31 октября восстановлен в кадрах РККА и назначен пом. командира по строевой части 240-го стрелкового полка 117-й стрелковой дивизии ПриВО в г. Куйбышев. С декабря 1939 г. временно командовал 269-м стрелковым полком, затем временно исполнял должность начальника 1-й (оперативной) части штаба 117-й стрелковой дивизии. С апреля 1940 г. командовал батальоном курсантов Балашовского пехотного училища. С декабря 1940 г. полковник Н. А. Кропотин был начальником учебного отдела Вольского, а с марта 1941 г. – Буйнакского пехотных училищ. С началом Великой Отечественной войны в прежней должности. В ноябре 1941 г. в г. Фрунзе сформировал 153-ю отдельную курсантскую бригаду и был утвержден ее командиром. В мае 1942 г. прибыл с ней на Западный фронт и в августе в составе 8-го гвардейского стрелкового корпуса 20-й армии участвовал в прорыве обороны немцев на участке Погорелое Городище, Карманово (Калининской обл.) и в боях по овладению с. Карманово. После этой операции бригада была переформирована в лыжную, а полковник Н. А. Кропотин в сентябре 1942 г. зачислен в распоряжение Военного совета фронта, затем назначен зам. командира 8-го гвардейского стрелкового корпуса. Через 1,5 месяца приказом по 20-й армии от 10.12.1942 допущен к командованию 1-й гвардейской Краснознаменной Московской мотострелковой дивизией. 25 декабря был ранен и 28 дней находился в дивизионном медсанбате. 04.01.1943 дивизия была переформирована в 1-ю гвардейскую стрелковую и с 28 февраля воевала в составе 16-й армии Западного фронта (с 16 апреля – 11-й гвардейской). До 12 июля дивизия находилась в резерве армии, затем участвовала с ней в Курской битве, Орловской и Брянской наступательных операциях (с 30 июля – на Брянском фронте). 18 октября она по ж. д. была переброшена на Прибалтийский фронт