конфликта между двумя прокуратурами, длившееся с февраля 1994 г., когда Алексей Ильюшенко стал и. о. генпрокурора.
Ильюшенко на эту должность был назначен президентом. Первым делом он начал проверять, почему прокуратура Москвы закрыла так называемое «дело Руцкого». Дело было возбуждено на основании материалов, переданных в Моспрокуратуру межведомственной комиссией по борьбе с преступностью и коррупцией (МВК), которую возглавлял адвокат Андрей Макаров. В комиссию входил и Алексей Ильюшенко, занимавший тогда должность начальника контрольного управления администрации президента.
За полгода следствия старший следователь по особо важным делам Моспрокуратуры Михаил Слинько не нашел никаких оснований для привлечения к уголовной ответственности Руцкого, Баранникова, Дунаева и еще нескольких человек, которых Макаров и Ильюшенко назвали коррупционерами. Более того, Моспрокуратурой было возбуждено дело по факту клеветы на Руцкого, свидетелями по которому проходили все члены МВК, включая Ильюшенко. Причем, как говорят сотрудники следственных подразделений, такого рода свидетели в случае удачного расследования часто становятся обвиняемыми. Окончательное решение о закрытии «дела Руцкого» и возбуждении дела о клевете принимал прокурор Москвы Геннадий Пономарев.
Изучив материалы следствия, руководство Генпрокуратуры дело о клевете закрыло, а дело о коррупции возбудило вновь. Через несколько месяцев Генпрокуратура начала усиленно проверять работу прокуратуры Москвы и выяснила, что Пономарев и его первый заместитель Юрий Смирнов плохо руководят личным составом и совсем не координируют работу окружных прокуратур. Но отправить Пономарева в отставку не удалось: мэр Москвы Юрий Лужков не дал своего согласия, которое было необходимо. Тогда приказом № 049 Пономареву был объявлен строгий выговор, Смирнов уволен, а на его место назначен прокурор Преображенского округа Москвы Сергей Герасимов.
На работе прокуратуры Москвы эти изменения существенно не отразились. Проведенная в январе 1995 г. проверка Генпрокуратуры констатировала, что раскрываемость умышленных убийств в Москве составляет уже 50% от общего числа этих преступлений – самый высокий показатель в стране. Тем не менее количество тяжких преступлений в городе продолжало расти, и работу прокуратуры назвали неудовлетворительной. Однако для того, чтобы отправить Пономарева в отставку, нужен был серьезный повод. Им стало убийство Листьева.
3 марта Ильюшенко потребовал, чтобы Пономарев представил ему справку о личном участии в раскрытии умышленных убийств. Пономарев попросил время, чтобы ее подготовить, но этой возможности ему не дали. Решение о его отставке принималось на закрытой коллегии Генпрокуратуры в субботу, 4 марта. Пономарев и Герасимов знали, какой вопрос будет стоять на повестке дня.
Утром 4 марта Герасимов позвонил первому заместителю генпрокурора Олегу Гайданову и спросил, пригласят ли их с Пономаревым
