В октябре 1925 г. переведен в 55-ю стрелковую дивизию в г. Курск, где был пом. начальника оперативной части штаба дивизии и командира батальона 163-го стрелкового полка. С мая 1933 г. начальник штаба 57-го стрелкового полка 19-й Воронежской ордена Трудового Красного Знамени стрелковой дивизии МВО в г. Острогожск. С июля 1937 г. командир 175-го стрелкового полка 1-й Московской пролетарской стрелковой дивизии. С 14 августа 1939 г. командир 144-й стрелковой дивизии МВО. В начале Великой Отечественной войны генерал-майор М. А. Пронин в прежней должности. В составе 20-й армии Западного фронта дивизия принимала участие в Смоленском сражении и Вяземской оборонительной операции, в ходе которой в октябре 1941 г. оказалась в окружении и понесла большие потери, однако сумела прорваться к своим войскам. Затем в составе 5-й армии остановила наступление противника на рубеже г. Звенигород, пгт Кубинка, дер. Акулово. В ходе контрнаступления под Москвой она участвовала в освобождении Можайска, вышла к Гжатску и в дальнейшем на достигнутом рубеже вела оборонительные бои. В июле 1942 г. за просчет при организации обороны генерал-майор М. А. Пронин был отстранен от должности и назначен командиром 123-й отдельной стрелковой бригады 16-й армии Западного фронта, которая вела оборонительные бои на калужском направлении против войск 2-й танковой армии противника. За халатное отношение к своим обязанностям и потерю управления бригадой в бою от должности был отстранен и отдан под суд. По определению Военной коллегии Верховного суда СССР от 20 ноября 1942 г. дело было прекращено, и М. А. Пронина назначили командиром 35-й отдельной стрелковой бригады 29-й армии Западного фронта. С февраля 1943 г. командовал 352-й стрелковой дивизией, которая в составе 5-й армии Западного фронта участвовала в Ржевско-Вяземской наступательной операции, в освобождении городов Гжатск, Вязьма. С июня 1943 г. он командовал 344-й стрелковой дивизией, входившей в состав 49-й армии. С 25 июля был допущен к исполнению должности командира 65-го стрелкового корпуса, который в составе 33-й армии участвовал в Смоленской наступательной операции. В начале декабря корпус был выведен в резерв фронта на доукомплектование, затем участвовал в наступлении на богушевском и витебском направлениях. С 4 января по 1 февраля 1944 г. М. А. Пронин находился на лечении в госпитале по болезни, затем состоял в резерве Ставки ВГК, проходя переподготовку на КУВНАС при Высшей военной академии им. К. Е. Ворошилова. В середине августа 1944 г. направлен в распоряжение Военного совета 3-го Белорусского фронта, затем с 30 августа исполнял должность зам. командира 16-го гвардейского стрелкового корпуса, а с 19 октября был допущен к командованию 16-й гвардейской стрелковой дивизией 36-го гвардейского стрелкового корпуса. В составе 11-й гвардейской армии 3-го Белорусского фронта она отличилась в Земландской наступательной операции и освобождении городов Инстербург, Пиллау. В апреле 1945 г. ее части прорвали внешний пояс Кенигсбергского УРа, вышли на побережье залива Фришес-Хафф, первыми в армии форсировали р. Прегель и, соединившись с войсками 43-й армии, отрезали противнику