Часть их после этого тайно продолжала исповедовать религию отцов.
Систематическое преследование этих новых христиан – марранов и морисков – началось во второй половине XV века, со времени объединения Кастилии и Арагона в одну монархию при Изабелле Кастильской и Фердинанде Католике. Они были против предоставления Ватикану исключительных прав на инквизицию в Испании. Короли не хотели делиться с Римом поступлениями от конфискованного огромного богатства еретиков. Изабелла и Фердинанд реорганизовали инквизицию, использовав не только религиозный фанатизм народа, но и желание воспользоваться возможностями инквизиторской системы для упрочения государственного единства Испании и увеличения доходов казны путем конфискации имущества осужденных. Душой новой инквизиции в Испании стал доминиканский монах Томас Торквемада.
Великий инквизитор родился в 1420 году в небольшом городке Старой Кастилии Торквемада, по другим сведениям – в Вальядолиле или Сеговии. Его отец, сеньор Петр – Фердинанд, дал сыну прекрасное образование, наградив при этом острым умом и страстным, но неровным характером. Томас много путешествовал по Испании, слушал лекции в университетах Саламанки и Толедо. В Кордове он влюбился в красавицу испанку, но она вышла замуж за мавра и уехала в Гренаду.
Торквемада решил съездить в Рим, в Ватикан, и через Сарагосу направился в Барселону. В Сарагосе шли диспуты монахов доминиканского ордена о чистоте веры и Томас, изучавший теологию, вступил в спор с доминиканским приором Лопесом из Серверы. Торквемада был умен, знающ и красноречив, и Лопес тут же пригласил его в свой орден святого Доминика.
Торквемада принял монашеский постриг и с ревностью исполнял обеты и суровый устав. Он проповедовал, утешал богомольцев, лечил их душевные раны, обличал ересь, искал явных и тайных врагов церкви. Ему предложили звание доктора богословия и высокие посты в духовной иерархии, но он отказался. В 1459 году он согласился стать приором в монастыре святого Креста в Сеговии. В этот монастырь совершали паломничества представители высшего общества Кастилии, часто приезжала королева с детьми. Инфанте Изабелле был нужен духовник и приору монастыря святого Креста доверили эту обязанность. Вскоре религиозная принцесса полностью доверяла Томасу Торквемаде.
Король Кастилии и брат Изабеллы Генрих IV, не любимый духовенством, был низложен. Корону получил его брат Альфонс, но после его скорой смерти, ее вернули Генриху Бессильному, с условием, что наследницей трона становится его сестра Изабелла. Ее духовник активно участвовал в провозглашении Изабеллы наследницей Кастилии.
С семилетнего возраста Изабелла считалась невестой Фердинанда, принца Арагонского. Многие представители испанской элиты мечтали об объединении Кастилии и Арагона в единое испанское королевство. Генрих IV Бессильный попытался выдать Изабеллу за короля Португалии, но у него почему-то ничего не получилось. Торквемада ловко разрушил королевские планы. 19 октября 1469 года в тайне
