командование повысило эффективность армии, но военно-морские силы были улучшены в меньшей степени. Но в 1898 году военным министром стал генерал Алексей Николаевич Куропаткин, и проблемам Дальнего Востока впервые было уделено внимание, которого они заслуживали. Генерал Куропаткин начал усиление крепостей и перевел туда новые войска. К 1900 году в Маньчжурии и Сибири было сосредоточено 60 000 русских войск. Куропаткин не мог действовать быстрее, потому что требовалось обеспечить снабжение войск, а у него был ограниченный бюджет, и доставка грузов по одноколейной Транссибирской магистрали происходила медленно. В 1900 году он заявил, что ему потребуется от шести до семи лет, чтобы усилить вооруженные силы, и он попросил «величайшей осторожности в наших внешних отношениях, дабы мы не ввергли себя в войну в невыгодном положении».
К 1902 году русские военные ясно сознавали опасность войны с Японией. Они планировали усилить мощь с 19 батальонов в 1898 году до 128, еще 40 батальонов нужно было держать в Сибири в качестве резерва; но к моменту разрыва дипломатических отношений, зимой 1904 года, это выполнено не было. Войска в Сибири и Маньчжурии только начали снабжаться современным вооружением.
Между российскими генералами и чиновниками были серьезные расхождения. Генерал Куропаткин предпочитал действовать постепенно и не вызывать враждебность Японии. Вице-адмирал Алексеев, командующий Квантунским укрепленным районом и действующий командующий Маньчжурскими войсками, прекратил организованную эвакуацию Маньчжурии, которая была обещана русскими в 1902 году. Это было сделано по совету статс-секретаря Безобразова, после серьезных возражений генерала Куропаткина. Мукден, из которого в первые полгода производилась эвакуация, был вновь оккупирован. Ньючуань (Инкоу) также был реоккупирован. Войска были посланы в Корею для охраны лесных концессий, что было совершенно ненужным.
В 1903 году российский кабинет погряз в разногласиях. Безобразов и адмирал Алексеев проводили свою независимую политику на Дальнем Востоке, несмотря на решения кабинета министров в Санкт-Петербурге. Генерал Куропаткин и несколько других министров обратились к царю, и он согласился, что война с Японией в этот момент нежелательна. Весной 1903 года Куропаткин был послан на Дальний Восток, чтобы взять ситуацию под контроль. Между тем статс-секретарь Безобразов вернулся в Петербург и в отсутствие Куропаткина очень успешно отстаивал свое предложение. В июне 1903 года государственный совет заседал в Порт-Артуре. Там были Куропаткин и адмирал Алексеев. Заседание было столь важным, что были приглашены послы России в Китае и Корее. Безобразов также присутствовал. Все согласились, что надо остановить события, происходящие в Маньчжурии и Корее, и в дальнейшем заставить японцев уйти. Куропаткин вернулся в Петербург, уверенный, что дал правильные инструкции и что оставленные на Дальнем Востоке люди их выполнят. Но вместо этого адмирал Алексеев в результате интриг получил большую власть
