Постепенно эти поручения – «приказы» царя стали постоянными. Появились, должности казначея, печатника, разрядных и ямских дьяков. С увеличением объема работы в начале XVI века дьякам для письма придавались чиновники поменьше – подьячие, работавшие в особом помещении – «избе» – канцелярии. С середины XVI века «избы-канцелярии» были преобразованы в постоянно действующие государственные учреждения – приказы. Самым старым приказом, впервые упоминаемым в 1512 году, был Казенный приказ, возглавляемый казначеем и печатником – хранителем «большой государственной печати». Казенный приказ ведал дипломатическими отношениями государства, поместными, ямскими и холопьими делами. В начале XVI века у казначея и печатника появились помощники – поместный, ямской и посольский дьяки. В Боярской Думе была создана Посольская изба. Позднее, с увеличением объема работ, были образованы Поместный, Ямской и Холопий приказы. В 1533 году начал работать Приказ большого прихода, ведавший сбором налогов и таможенных пошлин. В 1549 году Посольская изба была преобразована в Посольский приказ. Тогда же для контроля за деятельностью всех остальных приказов был создан Приказ тайных дел, в штате которого в течение всего XVI века был тайный дьяк и не более 6–7 подьячих. Местное управление в царстве осуществляли наместники и тиуны.
В январе 1547 года Иван Грозный изменил титул великого князя на царя и установил в России новую форму правления – самодержавную. Московское княжество стало царством. Управление страной осуществляли царь и Боярская Дума – высший законодательный орган, – утвердившая в 1550 году Судебник. Боярской Думе подчинялись все приказы и все местное управление царства, она руководила армией, вела все земельные дела, проводила переговоры с иностранными послами. После принятия Иваном Грозным титула царя в Боярской Думе появилась «комната» – «ближняя дума», состоявшая из нескольких наиболее верных царю людей, вместе с царем решавших важнейшие государственные дела. Тогда же стала действовать «Избранная рада» – неофициальный царский совет, состоявший из А. Адашева, А. Сильвестра, князей Курбского и Курлятева. Периодически созывались «земские соборы» – всероссийские собрания, состоявшие из Боярской Думы, элиты духовенства, представителей дворянства и посадского населения, принимавших решения по важнейшим вопросам внутренней и внешней политики государства.
Бывший посол Англии в России при царе Федоре Иоанновиче Джильс Флетчер в своей книге «О государстве Русском», изданной в 1591 году в Лондоне, писал:
«Что касается до главных пунктов или статей, входящих в состав самодержавного правления (как-то издания и уничтожения законов, определения правительственных лиц, права объявлять войну и заключать союзы с иностранными державами, и права казнить и миловать, с правом изменять решения по делам гражданским и уголовным, то все они так безусловно принадлежат царю и состоящей под ним Думе, что его можно назвать как верховным правителем, так и самим исполнителем в отношении ко всем исчисленным предметам… Принадлежащие к собственному и тайному совету Царя (именно те, которые ежедневно
