Германии адепты новой германской церкви действовали более агрессивно, чем лютеране, поскольку их договор между католиками и лютеранами 1555 г. не касался. Фредерик III и его наследники в Пфальце взяли на себя лидерство в протестантстве и, обнаружив, что иные правители либо были настроены слишком враждебно, либо были апатичны и бездейственны, обратились за помощью к французским гугенотам и голландским кальвинистам. Хотя германская реформированная церковь страдала от нехватки динамизма, в отличие от кальвинизма в Западной Европе, это не было спонтанным явлением среди германских джентри и торговцев. Оно полностью контролировалось государством. Его рост строго ограничивался. Несмотря на то что оно было направлено против лютеранства, оно было слабо распространено среди католиков.
Вторым серьезным источником нарастающего напряжения было распространение католической реформации за пределами империи. Южные части Баварии стали центром распространения католического миссионерства и политической силы. Герцог Баварии Альбрехт V (правил в 1550—1579 гг.) с энтузиазмом возобновил реформу совета Трента. Он перекрыл пути проникновения протестантской ереси, собрав группу агентов, которые контролировали каждую баварскую церковь, проверяли школы, цензурировали книги. Иезуиты были приглашены в баварские школы и университеты, придворные часто обучались за рубежом. Новый стиль вероисповедания привел к становлению политической автократии в Баварии.
Когда протестантская аристократия попыталась возразить, Альбрехт исключил ее из баварского правительства, таким образом эффективно отодвинув ее до конца XVI в. Герцог Баварии правил своими территориями с такой неограниченной властью, каковой не было ни у одного правителя германских земель.
В прочих местах в Германии католики начали отвоевывать позиции. Между 1580 и 1610 гг. протестанты были изгнаны из нескольких городов, в том числе из Кельна, Ахена, Страсбурга, Вюрцбурга, Мюнстера. Везде иезуиты были на переднем фронте кампании. Они основывали школы и университеты, где проповедовалась германская обновленная церковь, и определяли специальности для обучения молодых католических принцев. Питер Канисиус (1521—1597) был одним из самых известных иезуитов-миссионеров в Германии в XVI в. Оплот иезуитов – церковь Святого Михаила в Мюнхене, построенная герцогами Баварскими, стала символом католической реформации. Эта церковь была построена в 1580 г., как раз когда был почти завершен собор Святого Петра в Риме, и представляла образец классической архитектуры реформированного папства. Современному туристу просто необходимо посетить две церкви, построенные с интервалом в век, – собор Святой Богородицы (XV в.) и церковь Святого Михаила (XVI в.), – чтобы уловить, насколько непреодолима пропасть между до– и постреформационной католической Германией. Готический собор Святой Богородицы грузно возвышается над городом, и его суровый неф как нельзя ярче выражает дух времени. В отличие от него церковь Святого Михаила
