царь Федор Алексеевич считал своим долгом постоянное посещение обители. Бывали в Новоспасском монастыре царевна София, Петр и Иоанн Алексеевичи. С конца правления Петра I начался постепенный упадок Новоспасского монастыря, только Елизавета Петровна посещала его часто. В 1764 г. при Екатерине II в процессе секуляризации церковного имущества монастырь лишился всех своих поместий, а значит и доходов.
В 1918 г. Новоспасский монастырь был закрыт. В первые послереволюционные годы здесь находилась женская тюрьма, затем – «исправительно-трудовой лагерь» для заключенных. В 1930-е гг. подвергся уничтожению знаменитый некогда монастырский некрополь, занимавший 2/3 территории обители, где покоились видные деятели Российского государства и церкви. В 1935 г. территорию монастыря передали в ведение хозяйственного управления НКВД. В 1990 г. Новоспасский монастырь возвратили Московской патриархии. Постановлением Святейшего патриарха и Священного синода монастырю был присвоен статус Ставропигиального.
На территории монастыря расположено несколько храмов.
Преображенский собор перестроили при царе Михаиле Федоровиче взамен первоначального с тем, чтобы усыпальница царских предков оказалась под сводами храма. 19 сентября 1647 г. Преображенский храм торжественно освящен патриархом Иоасафом в присутствии царя, при настоятеле архимандрите Никоне. Храм был расписан в 1680-е гг. Особый интерес по своей исключительности представляет изображение родословного дерева русских великих князей и царей рода Рюриковичей, находящееся на своде вблизи входа в собор. Все государи изображены во весь рост с нимбами вокруг головы. Первыми представлены святые равноапостольные великий князь Владимир и великая княгиня Ольга с кувшинами в руках, поливающими корень этого родословного древа. Все князья династии изображены по порядку престолонаследия. Завершают череду царь Федор Михайлович и святой царевич Димитрий – последние потомки дома Рюриковичей.
По историческим документам и описаниям в подклете Спасо-Преображенского собора насчитывалось более 70 захоронений бояр Романовых и их близких родственников. Среди погребенных здесь – родоначальник рода Романовых Роман Юрьевич Захарьин (умер в 1543 г.), отец патриарха Филарета боярин Никита Романович Юрьев, в схиме Нифонт (умер в 1586 г.). К древней части усыпальницы относятся захоронения четырех родных братьев патриарха Филарета, трое из которых скончались в ссылках, пострадав во времена царя Бориса Годунова, а в 1607 г. были перезахоронены в Новоспасском монастыре. Один из них – боярин Михаил Никитич Романов, сын Никиты Романовича Юрьева, мученически скончавшийся в 1602 г. в Ныробской волости (Пермский край) после продолжительного содержания в яме в цепях, почитавшийся святым, к месту кончины которого совершались паломничества. Цепи боярина хранились как святыня, в настоящее время они находятся в экспозиции местного краеведческого музея.
