Это позволило установить, в каких направлениях шли в течение нескольких столетий изменения физического облика французов. Подмосковные курганы обещали аналогичные и даже более интересные наблюдения. Ведь они древнее любого парижского кладбища и уже потому могут дать представление о ходе эволюции местного населения за значительно более долгий срок. Методика промера черепов, применявшаяся Брока, была изложена им в специальной инструкции. Перевод ее Богданов напечатал в «Известиях Общества любителей естествознания» – с тем, чтобы ею воспользовались русские учёные. На первых порах руководствовался ею же и он сам. Особых сложностей в раскопках курганов Богданов не видел – насыпи их тут невелики, до костяков можно добраться без большой затраты средств и сил.
Надо было подумать о том, кто возьмётся за изучение собственно археологических находок. Легко удалось договориться со специалистами-естественниками. Остатки дерева соглашался определить профессор Московского университета ботаник Н.Н. Кауфман. Химический анализ металлических предметов взял на себя ассистент Петровской сельскохозяйственной академии П.А. Григорьев, а кож и тканей – университетский же профессор М.Я. Киттары. Минералогическая характеристика бус и других камней поручалась профессору Петровской академии И.Б. Ауэрбаху.
Особое значение имел выбор того, кто должен был интерпретировать с позиций исторической науки как полевые наблюдения, так и собранные коллекции. В Москве жило немало серьёзных археологов, но, судя по некоторым намекам в публикациях Богданова, никто из них с ним дела иметь не захотел.
Пришлось обратиться к профессору университета И.Д. Беляеву. Немолодой уже к тому времени человек, он был автором монографии «Крестьяне на Руси», многотомных «Рассказов из русской истории» и нескольких десятков статей, посвященных отечественному средневековью. Авторитетом среди коллег он не пользовался. Крайне низко оценивали его работы ведущие московские историки С.М. Соловьев и И.Е. Забелин. К тому же археологией он никогда специально не занимался. Таким образом, самого важного консультанта своих раскопок под Москвой Богданов выбрал неудачно, что проявилось достаточно скоро.
Раскопки начались в 1864 году в Коломенском уезде, у сел Речка и Никульское. Вёл их врач из Коломны A.M. Анастасьев, а помогали ему только что кончивший университет А.П. Федченко (в будущем знаменитый исследователь Тянь-Шаня и Памиро-Алтая) и хранитель коллекций Общества любителей естествознания Н.Г. Керцелли.
Широко развернулись раскопки в 1865 и 1866 годах. Они охватили девять уездов Московской губернии из одиннадцати. Два могильника изучались на окраине самой Москвы – в Сетуни и Черкизове. Работы в Сетуни вёл сам Богданов при участии Федченко. Посмотреть на курганы приезжали Беляев и профессор-медик Н.Д. Никитин.
Богданов руководил раскопками и вдали от Москвы – у села Власьева в Можайском уезде; Обуховки, Петропавловского, Аниськина и Осеева – в Богородском
