Софьи был организован процесс по новому Судебнику. Изменников казнили, Софью и молодого князя Василия строго допрашивали. Княгиня созналась в присвоении драгоценностей, оправдываясь тем, что многое «временно взяла, но по небрежности потеряла». Был казнен ее личный врач, подозревавшийся в отравлении Ивана Молодого и попытке отравления его брата Дмитрия и малолетнего сына. Княгиню Софью и ее сына Василия заточили в дворцовых покоях, а княжича Дмитрия Ивановича торжественно венчали на царство.
Так великокняжеская власть стала переходной ступенью к неограниченной монархии. Сторонники «законной» традиции престолонаследия могли быть довольны.
Иван Патрикеев как один из главных разоблачителей заговора мог считать, что достиг наивысшего положения в обществе. К нему благоволил великий князь, и его не оставляла своими милостями царская невестка Елена – мать наследника Дмитрия. Но тем и отличается придворная жизнь от незыблемого закона, что в ней возможны неожиданные повороты. Опальной Софье удалось снова войти в доверие к московскому государю. Неведомо, какими слезами и мольбами она смогла склонить на свою сторону Ивана III, но настроение его снова переменилось, и на вчерашних сподвижников и спасителей он стал смотреть, как на заговорщиков и изменников. Софье удалось оговорить невестку великого князя Елену и ее сторонников. По уверениям византийской интриганки, Елена добивалась личной власти и оклеветала ради этого и Софью, и ее сына. Иван III подозревал в измене всякого, кто попытался бы ограничить его личную власть, вкус к которой он почувствовал уже давно. Кроме того, великий князь явно тяготился присутствием рядом с собой «старых бояр», из-за своих прошлых заслуг полагавших себя вправе решать, как именно должен поступать московский государь. Поэтому участь фаворита была предопределена. Других инакомыслящих ждала строгая кара. Разумеется, Иван III знал истинную цену аргументам Софьи, но за свою безопасность был вполне спокоен, а вот очаги неповиновения должен был подавить жестко – для всеобщего устрашения. Теперь прежние любимцы попали в опалу. Невестка великого князя Елена и ее сын были высланы из столицы и остатки дней провели в заточении; многие бояре, участвовавшие в разоблачении «заговора Софьи», были казнены, а их имущество перешло в собственность Ивана III. Вообще «охота на ведьм» часто давала московскому князю возможность пополнить казну, не упустил он случая и на этот раз. Незавидная участь ждала и бывшего фаворита, и все его семейство. К счастью, им удалось остаться в живых и «отделаться» всего-то монастырским постригом и конфискацией имущества. Свою роль сыграло и заступничество духовенства, которому благочестивый князь регулярно делал солидные пожертвования. В тишине монастырской кельи у бывшего фаворита было достаточно времени, чтобы обдумать суетность светских притязаний и вероломство сильных мира сего. С того времени фамилия Патрикеевых исчезает из упоминаний
