Михаил был приглашён на княжение в Новгород, но оставался там недолго и возвратился в Чернигов. На уговоры остаться он отвечал, что жители Чернигова и Новгорода – братья, и он будет укреплять связывающие их узы. С 1235 года Михаил занимает великокняжеский стол в Киеве и делает всё возможное для противостояния нашествию монголо-татар. В том числе он пытался добиться военной помощи у венгерского короля Белы IV, но тот остался равнодушным к мольбам братьев-христиан. Как, впрочем, остались равнодушны также германский император и Папа Римский, у которых в 1245 году безуспешно просил помощи киевский князь.
Не имевший достаточных сил для отпора захватчикам и лишённый поддержки Европы, князь, желая спасти своих людей от полного уничтожения, был вынужден в следующем году отправиться в Орду за ярлыком на княжение. Перед поездкой к Бату-хану духовник великого князя дал ему следующее наставление, которое Михаил обещал свято исполнить: «Если хочешь ехать, княже, не уподобляйся другим князьям: не проходи сквозь огни, не поклоняйся ни кусту, ни идолам их, ни пищи от них не принимай, ни питья их в уста не бери, но исповедуй веру христианскую, ибо не подобает христианам поклоняться твари, но только единому Господу нашему Иисусу Христу».
О том, что произошло в ханской ставке, хорошо известно не только из «Сказания об убиении в Орде князя Михаила и боярина его Федора», появившегося через несколько десятилетий после их мученической гибели (и потом имевшего множество редакций), но и из свидетельства итальянского путешественника монаха-францисканца Плано Карпини. Перед тем как допустить князя к Бату-хану, татары потребовали, чтобы он поклонился обожествляемым ими стихиям и прошёл через очистительный огонь. Михаил категорически отказался это сделать, пояснив тем, что «христианин кланяется только Богу, Творцу мира, а не твари». Когда об этом доложили Бату-хану, он послал к Михаилу знатного татарина Елдегу передать свои слова: «Почто не исполняешь моего повеления, богам моим не кланяешься? Теперь сам выбирай: жизнь или смерть. Если исполнишь повеление мое, то жив будешь и княжение получишь. Если же не поклонишься кусту, солнцу и идолам, то злою смертью умрёшь». Михаил же отвечал на это: «Тебе, царю, кланяюсь, ибо поставлен ты на царство своё от Бога. А тому, чему велишь мне, не стану кланяться!» И после этих слов сказал ему Елдега: «Знай, Михаил, что ты уже мёртв».
Дальше, согласно «Сказанию», события развивались так: «Внук святого Михаила князь Борис стал говорить своему деду с плачем: «Господин, поклонись, сотвори волю цареву». И все бояре Борисовы, бывшие с ним, начали уговаривать князя: «Все за тебя епитимью примем, и со всею областью нашей, только исполни повеление царя!» Михаил же отвечал им: «Не хочу только по имени называться христианином, а поступать по-язычески». Боярин же его Фёдор, опасаясь, как бы не поддался князь на уговоры, напомнил ему наставления духовного отца их, а также вспомнил и евангельские слова: «Кто хочет душу свою сберечь, тот потеряет её; а кто потеряет душу свою ради Меня, тот обретёт
