дивизия была переброшена на Колпинский участок в 55-ю армию и вела бои по прорыву обороны противника в направлении Ям-Ижора, Красный Бор и Путролово. 25 января 1942 г. майор А. П. Варюхин был ранен и до 4 марта находился в госпитале, затем вернулся в полк. С 24 марта принял командование 9-м гвардейским стрелковым полком 3-й гвардейской стрелковой дивизии и в составе 54-й армии участвовал с ним в Любанской наступательной операции. 6 апреля вновь был ранен и до 15 июня находился в госпитале. После выздоровления зачисляется в распоряжение Военного совета МВО. С 20 июля 1942 г. он командовал 7-м запасным стрелковым полком 1-й Горьковской запасной стрелковой бригады. 15 августа 1943 г. был освобожден от должности и зачислен в распоряжение Военного совета округа. 17 ноября направлен в распоряжение Военного совета Белорусского фронта, где назначается командиром 47-го стрелкового полка 15-й Сивашской стрелковой ордена Ленина дважды Краснознаменной дивизии. В составе 61-й армии он участвовал с ней в Гомельско-Речицкой, Калинковичско-Мозырской и Полесской наступательных операциях. В начале апреля 1944 г. дивизия была передана в состав 65-й армии 1-го Белорусского фронта и до июня находилась в обороне, затем участвовала в Белорусской, Минской и Люблин-Брестской наступательных операциях, в освобождении городов Осиповичи, Барановичи и Слоним. С форсированием р. Нарев она перешла к обороне. В январе 1945 г. ее части с наревского плацдарма перешли в наступление и участвовали в Восточно-Прусской, Млавско-Эльбингской наступательных операциях. В ночь на 27 января 47-й стрелковый полк полковника А. П. Варюхина первым в дивизии форсировал р. Висла в районе пос. Гросс-Вестпален (юго-западнее г. Грудзендз) и, захватив плацдарм, успешно отразил несколько контратак противника. Всего за период боевых действий с 14 января по 15 февраля 1945 г. полк освободил 50 нас. пунктов, за что его командиру полковнику А. П. Варюхину было присвоено звание Героя Советского Союза. С 26 февраля 1945 г. он исполнял должность зам. командира, а с 26 марта – командира этой дивизии. В составе 65-й армии 2-го Белорусского фронта участвовал в ВосточноПомеранской наступательной операции, в штурме г. Данциг. В ходе Берлинской операции части дивизии форсировали р. Одер и вели наступление южнее Штеттина. За отличия в боях при овладении г. Штеттин приказом ВГК от 4.6.1945 г. дивизии было присвоено почетное наименование «Штеттинская». После войны полковник А. П. Варюхин продолжал командовать 15-й стрелковой Сивашско-Штеттинской ордена Ленина дважды Краснознаменной орденов Суворова и Трудового Красного Знамени УССР дивизией в СГВ.
В январе 1946 г. она была переформирована в 26-ю механизированную и входила в состав 45-й армии Тбилисского ВО. С марта 1946 г. полковник А. П. Варюхин командовал 261-й стрелковой дивизий (с мая – в составе ЗакВО). 24.08.1946 г. уволен в запас. После увольнения жил в Ленинграде и работал начальником цеха на фабрике «Красное Знамя», с 1972 по 1978 г. – в ОВД Ждановского райисполкома Ленинграда. Похоронен в Санкт-Петербурге на Южном кладбище (Центральный участок). Воинские звания: полковник (1944).