После издевательских пыток Ивана Шерого доставили на пароход и втолкнули в канатный ящик. В течение трёх суток мучили героя изощрёнными пытками. Его подвесили за руки к мачте парохода и возили по амурским сёлам для устрашения населения. По несколько часов комиссар висел на мачте, изредка приходя в сознание. Шерый поражал врагов своей стойкостью. После зверских пыток, не добившись нужных сведений, белогвардейцы решили окончательно расправиться с ним.
Сентябрьским вечером 1919 года к берегу села Вознесенское подошёл пароход «Казакевич», с которого высадился десант белых. Бандиты пошли по селу. Они врывались в дома, где жили семьи подлежащих мобилизации молодых парней, семьи партизан. Под видом партизан они искали сочувствующих партизанам людей. Таким образом, были взяты в заложники младшие братья новобранцев, скрывавшихся на островах от мобилизации в белую армию. Среди заложников был Андрей Максимович Шатохин. Впоследствии он и рассказал односельчанам подробности героической смерти комиссара Ивана Шерого.
В трюме парохода, куда был посажен Андрей Шатохин, находилось ещё три человека. Один, с окладистой чёрной бородой, не мог ни сидеть, ни лежать – на окровавленном теле этого человека не было живого места. Передвигаться он мог только с посторонней помощью. Это был комиссар Иван Шерый.
— Кто вы такие и откуда? — спросил поражённый Шатохин. Оставив вопрос без ответа, Шерый спросил: – А ты не «наседка»? (То есть не предатель). После вызова Шатохина на допрос Шерый спросил о причине ареста молодого человека, а потом поинтересовался, не выдал ли он своего брата. Больше он не проронил ни слова и только просил пить. Два других арестованных человека оказались партизанами из Иннокентьевки.
Снизу шёл пассажирский пароход. С «Казакевича» просигналили, чтобы он подошёл к берегу. На палубе «Казакевича» находился гроб с убитым во время боя у Иннокентьевки калмыковцем. Каратели решили отправить гроб с телом в Хабаровск на пароходе, шедшем снизу, но перед отправлением решили отдать убитому почести.
На палубе «Казакевича» выстроились солдаты. Гроб с телом поставили на носилки. Всех пассажиров с подошедшего парохода выгнали на палубу. Вытолкнули на палубу и Шатохина с двумя другими арестованными. Гроб стали спускать по трапу на берег. Следом, поддерживаемый солдатами, шёл комиссар Иван Шерый.
Гроб поставили на «козлы» возле трапа. Ивана Ивановича подвели к поленнице дров и, распяв руки, привязали к ней. Напротив поленницы выстроились пять солдат с винтовками. Офицер, командующий солдатами, сказал им несколько слов и приказал приготовиться. Гроб с телом белогвардейца стали по трапу поднимать на пассажирский пароход. И тут прозвучала команда офицера: «По врагу отечества, пли!» Тело героя обмякло, голова упала на грудь. Так погиб Иван Шерый, под страшными пытками не выдавший своих
