назначается командиром 71-го отдельного разведывательного батальона 17-й стрелковой дивизии ЗапОВО. 20 июня 1941 г. батальон был придан прибывшей в г. Полоцк из УрВО 174-й стрелковой дивизии и переименован в 197-й отдельный разведывательный батальон. С началом Великой Отечественной войны батальон в составе этой же дивизии занимал оборону в Полоцком УРе. Участвовал в боях в районе городов Глубокое и Полоцк. В ходе боевых действий под Полоцком на участке Дисна – ст. Фариново П. С. Галайко командовал ударной группой в составе его батальона, стрелкового батальона и отдельного артдивизиона. 8 июля под дер. Луначарское лично руководил контратакой, в результате которой противник был отброшен, оставив убитых и раненых, 2 разбитые бронемашины и 1 танк. С 15 августа он принял командование 628-м стрелковым полком этой же дивизии. После отхода из-под Невеля дивизия успешно вела бои под Великими Луками и Андреаполем. С 1 по 15 сентября в районе Андреаполя 628-й стрелковый полк успешно вел бои, неоднократно переходя в контратаки. В результате 451-й немецкий пехотный полк был фактически разгромлен. С 20 октября дивизия в составе 29-й, а с 24 октября 22-й армий Калининского фронта вела бои в ходе Калининской и Можайско-Малоярославецкой оборонительных операций, а с 22 декабря – Калининской наступательной операции. 22 января 1942 г. дивизия, войдя в состав 30-й армии, в марте вела боевые действия по расширению плацдарма на правом берегу р. Волга. Приказом НКО от 17 марта 1942 г. за успешное проведение боев в районе Ржева, овладение плацдармом на правом берегу р. Волга дивизия была преобразована в 20-ю гвардейскую, а полк, которым командовал подполковник П. С. Галайко, – в 60-й гвардейский. С 8 апреля по 4 мая того же года дивизия находилась в резерве Калининского фронта, затем была включена в 31-ю армию (с 22 июля – в составе Западного фронта). В августе – сентябре ее части участвовали в Ржевско-Сычевской наступательной операции, затем перешли к обороне. С декабря полковник П. С. Галайко исполнял должность зам. командира 20-й гвардейской стрелковой дивизии. С 18 января по 4 февраля 1943 г. дивизия находилась в резерве Ставки ВГК, затем была передислоцирована на ст. Купянск. С 4 марта она вошла в 4-й гвардейский стрелковый корпус 6-й армии Юго-Западного фронта и обороняла Залиманский тет-де-пон. В июне П. С. Галайко командирован на учебу в Высшую военную академию им. К. Е. Ворошилова. По окончании ее ускоренного курса в конце апреля 1944 г. был направлен на 2-й Белорусский фронт, где с 25 мая вступил в должность зам. командира 62-го стрелкового корпуса 33-й армии. Позже корпус был переведен в 49-ю армию и занимал оборону юго-восточнее Орши. 26 июня допущен к командованию 369-й стрелковой Карачевской дивизией этого же корпуса. Участвовал с ней в Белорусской, Могилевской и Минской наступательных операциях. Части дивизии прорвали оборону противника, форсировали реки Проня и Днепр (восточнее Могилева) и 28 июня освободили город. Указом Президиума Верховного Совета СССР от 10.7.1944 г. за эти бои дивизия была награждена орденом Красного Знамени. С 3 августа по 20 сентября 1944 г. полковник П. С. Галайко состоял в распоряжении Военного совета 2-го Белорусского фронта,