вновь попал в немилость. 1 октября 1799 года он был отставлен от службы «с воспрещением въезда в столицу». Причиной отставки послужил недостойный поступок Аракчеева: желая спасти от наказания брата (во время его караула произошло хищение), граф назвал виновным другого офицера. Но вскоре обман раскрылся, и инспектор с позором был изгнан.
В 1801 году, после убийства Павла I, многим казалось, что звезда Аракчеева закатилась теперь уже навсегда. Но, как показало время, напрасно. 26 апреля 1803 года император Александр I собственноручной запиской вызвал Аракчеева в Петербург, а 14 мая последовал приказ о его назначении (уже в третий раз) инспектором всей артиллерии и командиром гвардии артиллерийского батальона. У императора было две причины приблизить к себе Аракчеева: во-первых, он приобретал в его лице преданного человека, во-вторых – оба они отличались пристрастием к муштре. Кстати говоря, к реальным боевым действиям Аракчеев не питал ни малейшей склонности. Когда в 1805 году под Аустерлицем Александр I предложил ему командование одной из колонн, тот немедленно отказался. С тех пор Аракчеев не появлялся поблизости от места ведения военных действий, даже в императорской свите. Как ни странно, этот поступок, который сложно объяснить чем-то иным, кроме трусости, не поколебал мнения Александра о своем придворном. 14 декабря 1807 года император повелел считать приказы Аракчеева столь же обязательными к исполнению, как свои собственные. А 13 января 1808 года Алексей Андреевич был назначен военным министром. Он тут же выдвинул ряд условий своего пребывания на этом посту: отстранения от доклада генерал-адъютанта графа Ливена, передачи военно-походной канцелярии в свое распоряжение и подчинение себе главнокомандующих армиями.
Во время войны со Швецией император направил Аракчеева в Финляндию, предоставив ему неограниченные полномочия. По стечению обстоятельств приезд министра совпал с успешными военными действиями русской армии, и Александр прислал Аракчееву свой орден Андрея Первозванного. Однако фаворит «упросил государя взять орден обратно, что и было милостиво исполнено». Взамен император предписал войскам «отдавать Аракчееву следующие ему почести и в местах высочайшего пребывания».
Справедливости ради необходимо сказать, что педантизм Аракчеева и его стремление к дисциплине и порядку все же имели некоторые положительные результаты. При нем были изданы новые правила и положения, касающиеся военной администрации, упрощена и сокращена переписка, приняты меры к повышению уровня образования офицеров, упорядочена материальная часть.
Положение Аракчеева при дворе и доверие к нему Александра I казались незыблемыми. Однако вскоре он вновь подал в отставку – на сей раз совершенно добровольно, обиженный тем, что проект преобразования Государственного совета, составленный Сперанским, рассматривался императором без его ведома. Причем сделал он это в такой грубой форме, что любой другой на его месте оказался
