В конце марта 1942 г. отстранен от исполнения должности и в апреле направлен в распоряжение Маршала Советского Союза К. Е. Ворошилова, где назначается руководителем группы контролирования за формированием стрелковых и кавалерийских соединений в военных округах. 9 октября 1942 г. генерал-майор Н. Е. Аргунов переведен начальником Разведывательного управления Центрального штаба партизанского движения, а 4 декабря – зам. начальника штаба Волховского фронта по ВПУ. Будучи в последней должности, одновременно с 30 декабря 1942 по 27 января 1943 г. временно командовал 376-й стрелковой дивизией. С 12 января 1943 г. ее части в составе 2-й ударной армии принимали участие в прорыве блокады Ленинграда южнее Ладожского озера. С 6 по 20 августа Н. Е. Аргунов временно командовал 378-й стрелковой дивизией и в составе 8-й армии участвовал с ней в Мгинской наступательной операции. В промежутках между этими операциями по приказу командующего войсками фронта генерала армии К. А. Мерецкова возглавлял фронтовой учебный центр. В феврале 1944 г. генерал-майор Н. Е. Аргунов назначен зам. начальника штаба по ВПУ Карельского фронта, с марта одновременно исполнял должность зам. командующего 19-й армией. Перед Свирско-Петрозаводской наступательной операцией готовил офицерский состав фронта в учебном центре в г. Кандалакша, в ходе операции в конце июня 1944 г. был назначен начальником штаба 32-й армии. В середине ноября армия была выведена в резерв Ставки ВГК. 31 марта 1945 г. Н. Е. Аргунов в составе резервного фронтового управления выехал на Д. Восток в качестве генерала для особо важных поручений при Маршале Советского Союза К. А. Мерецкове. В апреле – июле возглавлял учебный центр Приморской группы войск. С началом Советско-японской войны 1945 г. в составе войск 1-й Краснознаменной армии 1-го Дальневосточного фронта участвовал в Харбино-Гиринской операции, затем с 25-й армией в боевых действиях в Северной Корее в районе Юки, Расин, Сейсин и Ранан. После операций в Маньчжурии и Северной Корее генерал-майор Н. Е. Аргунов был переведен на Южный Сахалин в район Маока, где возглавил работу по принятию капитуляции японских войск. В начале сентября направлен в Харбин, где руководил фронтовой комиссией по передаче войск 1-й Краснознаменной армии в состав ЗабВО. После войны генерал-майор Н. Е. Аргунов с 30 октября 1945 г. исполнял должность начальника Управления боевой и физической подготовки штаба Приморского, а с ноября 1951 г. Одесского военных округов. С августа 1954 г. был врид пом. командующего войсками – начальника Управления боевой подготовки штаба ОдВО. В ноябре зачислен в распоряжение 10-го управления Генштаба и направлен в командировку 1-м зам. главного военного советника – советником начальника штаба Казарменной народной полиции ГДР, с февраля 1956 г. исполнял должность зам. главного военного советника Главного штаба национальной народной армии ГДР. 11 мая 1957 г. уволен в отставку по болезни. Воинские звания: полковник (29.11.1935); генерал-майор (02.01.1942). Доцент по кафедре тактики высших соединений (29.05.1939). Награды: орден Ленина (21.02.1945); три ордена Красного Знамени (15.01.1942, 14.02.1943, 03.11.1944); два ордена Суворова 2-й