Можайский укрепрайон, был заместителем командующего 5-й и 10-й армиями.
Командующий 5-й армией генерал-лейтенант артиллерии Л.А. Говоров в характеристике на генерал-майора Богданова, подписанной 15 апреля 1942 г., отмечал:
«…Тов. БОГДАНОВ в составе 5-й армии с первых дней ее организации. Инициативный, смелый энергичный командир. Обладает широким тактическо-оперативным кругозором, хорошо разбирается в вопросах применения танков и их взаимодействия с другими родами войск.
В тяжелых боях за Москву, при выполнении ряда ответственных заданий Военного Совета, успешно справился с поставленными перед ним задачами.
При выполнении операции по разгрому звенигородской группировки пр-ка непосредственно сам принимал участие в боях, проявив при этом смелость и мужество.
Партии ЛЕНИНА – СТАЛИНА предан.
ВЫВОД Занимаемой должности – СООТВЕТСТВУЕТ».
В октябре 1942 г. Богданова назначают начальником Костеревского танкового центра, в ноябре – командиром 6-го (впоследствии 5-й гвардейский) механизированного, а в марта 1943 г. – 9-го танкового корпуса. Его части отличились в одной из крупнейших битв Великой Отечественной войны – Курской битве. Маршал Советского Союза К.К. Рокоссовский, командовавший в то время Центральным фронтом, вспоминал: «К исходу третьего дня сражения почти все фронтовые резервы были втянуты в бой, а противник продолжал вводить все новые и новые силы на направлении своего главного удара. Можно было ожидать, что он попытается бросить в бой все, что у него имеется, пойдет даже на ослабление своих частей на второстепенных участках фронта. Чем удержать его? И я решился на большой риск: послал на главное направление свой последний резерв – 9-й танковый корпус генерала С.И. Богданова, который располагался в районе Курска, прикрывая город с юга. Это было полностью укомплектованное соединение, наша надежда и гордость».
К чести генерал-майора Богданова он оправдал высокую оценку Рокоссовского, удержав назначенный рубеж. И не случайно Семен Ильич в сентябре 1943 г. был рекомендован на должность командующего 2-й танковой армией. «С Семеном Ильичом мне не раз приходилось встречаться в трудное фронтовое время и в послевоенные годы, – вспоминал Маршал Советского Союза И.И. Якубовский, – и он навсегда сохранился в моей памяти не только как бесстрашный и неутомимый воин, блестящий организатор и талантливый танковый военачальник, но и как замечательный, душевный человек, старший товарищ, заботливый наставник и воспитатель военных кадров. Это был воистину богатырь. Его исключительные физические данные сочетались с широкой, щедрой и жизнерадостной натурой».
В ходе Уманско-Ботошанской наступательной операции по решению командующего 2-м Украинским фронтом Маршала Советского Союза И.С. Конева 2-я танковая армия (174 танка и 57 САУ) вместе с 5-й гвардейской танковой армией была введена в сражение 5 марта 1944 г. Соединения обеих армий совместно со стрелковыми
